در کپسید یک پلت فرم جامع منبع باز است که ادغام یک خط لوله محاسباتی با کارایی بالا برای شناسایی توالی پاتوژن و nbsp؛ و خصوصیات در ژنوم انسان و transcriptomes همراه با یک پایگاه داده نتایج مقیاس پذیر و مبتنی بر وب نرم افزار نرم افزار کاربر پسند برای مدیریت، پرس و جو و تجسم نتایج.
شروع
شما یک پایگاه داده مانگودیبی نیاز، پایتون 2.6+ نصب و راه اندازی و آپاچی تامکت 6+. برای اطلاعات بیشتر، به عنوان خوانده شده ویکی:
http://wiki.github.com/capsid/capsid/home
What در این نسخه جدید است:
در رفع پیغام خطا در هنگام اجرای تفریق و ترازی یافت نشد
کار بیشتر بر روی رفع نمایش داده شد طولانی در حال اجرا
جدید در نسخه 1.4.2 است:
به حذف وابستگی MongoKit
چه در نسخه 1.4.1 جدید است:
در رفع ایست مکان نما برای آمار در حال اجرا طولانی نمایش داده شد
چه در نسخه 1.4.0 جدید است:
در می افزاید آمار در حالی که آنها در حال به جای همه در پایان اجرا
موجب صرفه جویی شناسه منحصر به فرد برای ژن به عنوان UID
چه در نسخه 1.2.7 جدید است:
در رفع README
چه در نسخه 1.2.6 جدید است:
در تفریق فیلتر نقشه نیامده در هنگام ساختن نقشه برداری بار خوانده
چه در نسخه 1.2 جدید است:
ابزار برای ایجاد فایل های FastQ از نقشه نیامده بار خوانده شده
ابزار برای بازگشت به تقاطع فایل FastQ
ابزار برای بازگشت فایل FastQ فیلتر
اضافه شده mapq پرچم آستانه به تفریق
Gbloader هم اکنون می توانید باکتری ها و ژنوم قارچ بارگذاری
موجب صرفه جویی در توالی ژنوم به پایگاه داده با استفاده از GridFS
کاهش اثرات حافظه در هنگام محاسبه آمار
استفاده subprocesses به جای os.system
فیلتر نمرات mapq نیاز به شامل 0
جدید در نسخه 1.1 است:
در می افزاید پشتیبانی برای جفت پایان بار خوانده شده
جدید در نسخه 1.0.1 است:
اضافه شدن پشتیبانی برای احراز هویت مانگودیبی
مورد نیاز:
پایتون
نظر یافت نشد