در گاوماهیان است یک API پایتون برای خواندن فایل های داده های باینری ایجاد شده با استفاده گاوماهیان نسل بعدی چارچوب مدیریت داده ها.
به طور معمول، این شاخه می آید به عنوان بخشی از بسته گاوماهیان کامل، در دسترس از:
& nbsp؛ از HTTP: //goby.campagnelab.org/
بسته کامل شامل کد منبع جاوا. اگر شما از PyPI و یا برخی از منبع پایتون خاص دیگر دانلود این بسته، شما ممکن است تنها بخشی پایتون از کد دریافت کرده اند.
توسعه هشدار
کتابخانه گاوماهیان پایتون به عنوان بالغ به عنوان اجرای جاوا نیست. این ممکن است حشره دار تر و در نظر گرفته شده به ارائه مجموعه ای کامل از ویژگی های هستند که در نسخه جاوا یافت.
نصب و راه اندازی:
و nbsp؛ 1. اطمینان حاصل کنید که شما باید پایتون 2.5 یا جدیدتر. اگر شک دارید، اجرا کنید:
-V پایتون
و nbsp؛ 2. دانلود و نصب بسته های python پیش نیاز:
و nbsp؛ 1. بافرها پروتکل
و nbsp؛ موجود از http://code.google.com/p/protobuf/ یا PyPI
و nbsp؛
2. pyjavaproperties - جایگزینی پایتون برای java.util.Properties
و nbsp؛ موجود از http://pypi.python.org/pypi/pyjavaproperties
و nbsp؛ 3. نصب بسته گاوماهیان:
پایتون setup.py نصب
& nbsp؛ این مرحله ممکن است دسترسی superuser نیاز دارد.
طریقه استفاده:
اسکریپت مثال ارائه شده برای نشان دادن چگونگی دسترسی به محتوای فایل های گاوماهیان در پایتون.
و nbsp؛ * در اینجا این است که چگونه برای اسکن یک فایل ترازی گاوماهیان:
& nbsp؛ از اسم GobyAlignmentStats.py
(فایل های basename.entries و basename.header باید خارج شوید.)
و nbsp؛ * دستور بعدی محتوای یک فایل ترازی متن چاپ:
اسم GobyAlignmentToText.py
و nbsp؛ * دستور بعدی جمع و جور تبدیل می خواند فایل به فرمت فست ای:
GobyCompactToFasta.py file.compact-خوانده شده
و nbsp؛ * دستور بعدی آمار در مورد محتوای فشرده چاپ بار خوانده شده فایل:
GobyReadsStats.py file.compact-خوانده شده
مورد نیاز:
پایتون
نظر یافت نشد