. MetagenomeDB عمل به عنوان لایه انتزاعی در بالای یک پایگاه داده MongoDB؛
MetagenomeDB یک کتابخانه پایتون طراحی به راحتی ذخیره، بازیابی و حاشیه نویسی توالی metagenomic و nbsp است. آن را فراهم می API برای ایجاد و اصلاح و اتصال دو نوع از اشیاء، یعنی توالی و مجموعه:
از & nbsp؛ * * * * توالی (کلاس دنباله) می تواند بار خوانده شده، contigs، کلون PCR، و غیره
از & nbsp؛ * مجموعه (مجموعه طبقه) نشان دهنده مجموعه ای از توالی. به عنوان مثال، بار خوانده شده ناشی از توالی از یک نمونه، contigs مونتاژ از مجموعه ای از بار خوانده شده، کتابخانه PCR
هر شی را می توان با استفاده از یک نحو مانند فرهنگ لغت مشروح:
# برای اولین بار، ما به واردات کتابخانه
واردات MetagenomeDB به عنوان MDB
# پس از آن ما یک شیء توالی جدید با دو ایجاد
# (اجباری) خواص، نام 'و' توالی '
S = mdb.Sequence ({"نام": "دنباله من"، "توالی": "atgc"})
# شی هم اکنون می توانید مشروح شود
چاپ بازدید کنندگان ["طول"]
بازدید کنندگان ["نوع"] = "خواندن"
# یک بار اصلاح شده، شی نیاز به متعهد شود
# به پایگاه داده برای تغییر و به باقی می ماند
s.commit ()
اشیاء از نوع توالی و یا مجموعه را می توان به یکدیگر به منظور نشان دادن مجموعه داده های مختلف metagenomic متصل می شود. مثالها عبارتند از، اما نه محدود به:
از & nbsp؛ * مجموعه ای از بار خوانده شده ناشی از یک توالی اجرا (رابطه بین توالیها اشیاء و یک مجموعه)
از & nbsp؛ * مجموعه ای از contigs ناشی از مونتاژ مجموعه ای از بار خوانده شده (ارتباط بین دو جسم مجموعه)
از & nbsp؛ * * * * بار خوانده شده است که بخشی از contig (رابطه بین توالیها اشیاء و یکی از این توالی)
از & nbsp؛ * * * * توالی است که شبیه به جایی دیگر (ارتباط بین دو توالی اشیاء)
از & nbsp؛ * مجموعه (رابطه بین دو جسم مجموعه) است که بخشی از یک مجموعه بزرگتر
نتیجه شبکه ای از توالی و جمع آوری، که می تواند با استفاده از روش اختصاصی کاوش است. IEG، Collection.list_sequences ()، Sequence.list_collections ()، Sequence.list_related_sequences (). برای فیلتر های پیچیده با استفاده از نحو پرس و جو MongoDB هر یک از این روش اجازه می دهد:
# لیست تمام مجموعه 'collection_of_reads نوع
# دنباله 'S' متعلق به
مجموعه = s.list_collections ({"نوع": "collection_of_reads"})
# لیست تمام توالی که به این مجموعه تعلق
# با طول حداقل 50 جفت باز
برای C در مجموعه:
& nbsp؛ در c.list_sequences چاپ ({"طول": {"$ GT": 50}})
MetagenomeDB همچنین مجموعه ای از ابزار خط فرمان برای واردات توالی نوکلئوتیدی، توالی پروتئین، BLAST و تنظیم FASTA الگوریتم های خروجی، و فایل های مونتاژ ACE را فراهم می کند. دیگر ابزار ارائه شده برای اضافه کردن یا حذف چند شیء، یا آنها را حاشیه نویسی
در مورد نیاز:.
پایتون
نظر یافت نشد