سیستم مانند را ساخت اغلب مورد استفاده برای ایجاد گردش کار پیچیده، به عنوان مثال در بیوانفورماتیک و nbsp؛ هدف snakemake برای کاهش پیچیدگی گردش ایجاد شده توسط ارائه یک دامنه به زبان مدرن و تمیز خاص مشخصات (DSL) در سبک پایتون، همراه با یک محیط اعدام سریع و راحت است.
نصب
- در اوبونتو 12.04، شما می توانید بسته دبیان python3-snakemake موجود در مخزن گفتوگو ما را نصب کنید.
- در سیستم های دیگر، شما نیاز به یک نصب و راه اندازی و مشغول به کار پایتون> = 3.2. بسته به سیستم شما، بعد از آن شما می توانید نصب snakemake با صدور یا easy_install snakemake یا easy_install3 snakemake در خط فرمان. اگر شما priviledges مدیر را نداشته باشند، یک نگاهی به --user استدلال easy_install.
- در نهایت، snakemake به صورت دستی با دانلود بایگانی کد منبع از pypi نصب شده است.
استفاده
Snakemake ارائه می دهد DSL ساده برای توصیف گردش که فایل در چند مرحله بعدی ایجاد:
نمونه = ["01"، "02"]
# اختیاری تعریف یک دایرکتوری که در آن کار باید انجام شود.
workdir: "مسیر / به / workdir"
# مشابه را، تعریف قوانین ساختگی که به عنوان اهداف ساخت عمل می کنند.
حکومت همه:
& nbsp؛ در ورودی: "diffexpr.tsv"، ...
حکومت خلاصه:
& nbsp؛ در ورودی: "{نمونه} .mapped.bam" .format (نمونه = S) برای بازدید کنندگان در نمونه
& nbsp؛ در خروجی: "diffexpr.tsv"
و nbsp؛ را اجرا کنید:
و nbsp؛ # ... ارائه برخی از کد پایتون به تولید خروجی از فایل های ورودی
و nbsp؛ # مثال. فایل های ورودی دسترسی با استفاده از شاخص
را لمس کنید و. ورودی [1]
# ارزش دسترسی کلمات، کنید و
را لمس کنید و. wildcards.sample
و nbsp؛ # به راحتی اجرا دستورات پوسته به طور خودکار با استفاده از پوسته پیش فرض خود را در حالی که داشتن دسترسی مستقیم
و nbsp؛ # به تمام متغیرهای محلی و جهانی از طریق فرمت minilanguage
& nbsp؛ در موضوعات = 6
& nbsp؛ در پوسته ("--threads somecommand {موضوعات} {ورودی [0]} {خروجی [0]}")
حکومت map_reads:
و nbsp؛ # اختصاص نام برای ورودی و خروجی فایل
& nbsp؛ در ورودی: بار خوانده شده = "{نمونه} .fastq"، hg19 = "hg19.fasta"
و nbsp؛ # فایل های خروجی علامت به نوشتن محافظت پس از ایجاد
& nbsp؛ در خروجی: نقشه برداری = محافظت ("{نمونه} .mapped.sai")
و nbsp؛ # اختیاری تعریف پیام هایی که به جای شرح قانون عمومی در اجرای قانون نمایش داده شده:
را لمس کنید و. پیام: "نقشه برداری می خواند به {input.hg19}"
& nbsp؛ در موضوعات: 8
& nbsp؛ در پوسته:
و nbsp؛ # به طور مستقیم ارائه دستورات پوسته (در یک رشته چند یا تک خط) اگر نحو پایتون مورد نیاز است.
و nbsp؛ # دوباره، متغیرهای محلی و جهانی را می توان از طریق فرمت minilanguage قابل دسترسی است.
و nbsp؛ # علاوه بر این، تعدادی از موضوعات مورد استفاده توسط حکومت را می توان مشخص شده است. زمانبندی snakemake تضمین می کند که حکومت با تعداد مشخصی از موضوعات را اجرا اگر هسته به اندازه کافی در دسترس از طریق گزینه خط فرمان -j ساخته شده است.
و nbsp؛ "" "
& nbsp؛ در BWA ALN -t {موضوعات} {input.hg19} {input.reads}> {output.mapped}
& nbsp؛ در برخی از --other --command
و nbsp؛ "" "
با توجه به "Snakefile" با چنین نحو، گردش کار را می توان (به عنوان مثال با استفاده از تا 6 فرآیندهای موازی) توسط issueing اعدام:
& nbsp؛ در snakemake -j6 -s Snakefile
برای اطلاعات بیشتر لطفا نگاه کنید به خودآموز
ویژگی ها:.
تعریف گردش کار در راه متنی با نوشتن قوانین چگونه برای ایجاد فایل های خروجی از فایل های ورودی در یک نحو بر اساس پایتون ساده است. در مقابل به GNU را (که در درجه اول یک سیستم ساخت)، snakemake اجازه می دهد تا یک قانون برای ایجاد فایل های خروجی چندگانه.
Snakemake به طور خودکار محاسبه که قوانین باید اجرا شود برای ایجاد خروجی مورد نظر.
هر دو قوانین بر اساس پوسته و همچنین نحو پایتون کامل در داخل یک قاعده پشتیبانی می شود. دستورات شل دسترسی مستقیم به تمام متغیرهای پایتون محلی و جهانی است.
مانند GNU را، snakemake می تواند اعدام حکومت موازی برنامه که در آن امکان پذیر است. علاوه بر این، موازی بین حکومت را می توان با موازی داخل حکومت (به عنوان مثال موضوعات) ترکیب و snakemake تضمین می کند که تعداد هسته های استفاده از ارزش داده تجاوز نمی کند.
فایل ها می توانند به طور موقت مشخص شده (به عنوان مثال می توان آنها را یک بار حذف نیاز بفروش) و یا محافظت شده (به عنوان مثال آنها را ارسال و پس از ایجاد محافظت).
ورودی و خروجی فایل می تواند شامل نویسه عام به نام چند.
ورودی و خروجی فایل را می توان به نام به طوری که پرداختن به آنها در داخل حکومت دستی می شود.
نقشه-کاهش مانند قابلیت با استفاده از آسان به خواندن پایتون نحو لیست درک مطلب انجام می شود.
به عنوان یک ویژگی آزمایشی، snakemake می تواند بر روی یک خوشه با مشخص کردن دستور ارسال (به عنوان مثال qsub برای خورشید گرید موتور) اجرا شود.
مورد نیاز:
پایتون
نظر یافت نشد