در خوک خرطوم دراز مالایا یک ابزار پایتون که شامل برنامه به منظور برآورد و رسم ارزشمندی را فیلوژنتیک برای مجموعه داده های بزرگ است.
با استناد به خوک خرطوم دراز مالایا
هنگام استفاده از خوک خرطوم دراز مالایا، لطفا استناد:
- Faircloth قبل از میلاد، چانگ J، آلفارو ME: خوک خرطوم دراز مالایا را قادر می سازد تجزیه و تحلیل توان بالایی از اطلاعات را فیلوژنتیک.
- تاونسند JP: پروفایل ارزشمندی را فیلوژنتیک. Biol سیستماتیک. 2007، 56: 222-231.
- برکه SLK، فراست SDW، الهه شعر و موسیقی SV: HyPhy: فرضیه آزمایش با استفاده از phylogenies. بیوانفورماتیک 2005، 21: 676-679.
نصب
برای لحظه ای، ساده ترین راه برای نصب این برنامه این است:
دستگاه گوارش دستگاه گوارش کلون: //github.com/faircloth-lab/tapir.git / راه / به / خوک خرطوم دراز مالایا
برای اجرای آزمون:
سی دی / راه / به / خوک خرطوم دراز مالایا /
آزمون پایتون / test_townsend_code.py
استفاده
کد estimate_p_i.py خواستار یک فایل دسته ای برای hyphy است که در قالب /. این فایل باید در همان موقعیت نسبی است به هر جا که شما قرار داده estimate_p_i.py. اگر شما رقیق نصب همانطور که در بالا، شما خوب است، برای لحظه ای.
دویدن:
سی دی / راه / به / خوک خرطوم دراز مالایا /
پایتون tapir_compute.py Input_Folder_of_Nexus_Files / Input.tree
از & nbsp؛ - خروجی Output_Directory
از & nbsp؛ - دوره = 32-42،88-98،95-105،164-174
از & nbsp؛ - بار = 37،93،100،170
از & nbsp؛ - چند پردازی
--multiprocessing اختیاری است، بدون آن، هر منبع به طور متوال اجرا شود.
اگر شما در حال حاضر به نتایج فوق و ذخیره شده به پوشه خروجی را اجرا کنید (پایین را ببینید)، شما می توانید سوابق سایت نرخ از قبل موجود به جای برآورد آن دوباره با استفاده از:
پایتون tapir_compute.py Input_Folder_of_Site_Rate_JSON_Files / Input.tree
از & nbsp؛ - خروجی Output_Directory
از & nbsp؛ - دوره = 32-42،88-98،95-105،164-174
از & nbsp؛ - بار = 37،93،100،170
از & nbsp؛ - چند پردازی
از & nbsp؛ - سایت-نرخ
نتایج
خوک خرطوم دراز مالایا می نویسد نتایج به دیتابیس SQLite در دایرکتوری خروجی از انتخاب شما. این دایرکتوری همچنین دارای فایل های رای به سایت در فرمت JSON برای هر منبع از طریق tapir_compute.py.
می توانید نتایج را در پایگاه داده به شرح زیر دسترسی داشته باشید. برای مثال بیشتر، از جمله رسم، نگاه کنید به اسناد و مدارک
- خم کردن از SQLite:
& nbsp؛ در sqlite3 Output_Directory / فیلوژنتیک-informativeness.sqlite
- دریافت اطلاعات انتگرال همه دوره:
& nbsp؛ از منبع را انتخاب کنید، فاصله، PI از جایگاه، فاصله که در آن loci.id = interval.id
- دریافت اطلاعات جدایی ناپذیر برای یک دوره خاص:
& nbsp؛ از منبع را انتخاب کنید، فاصله، PI از جایگاه، فاصله
از & nbsp؛ که در آن فاصله = '95 -105 'و loci.id = interval.id.
- دریافت تعداد جایگاه داشتن حداکثر (PI) در دورههای مختلف:
& nbsp؛ ایجاد موقت حداکثر جدول به عنوان شناسه را انتخاب کنید، حداکثر (PI) به عنوان حداکثر فاصله از گروه های شناسه.
& nbsp؛ ایجاد جدول موقت تی به عنوان interval.id را انتخاب کنید، فاصله، حداکثر از فاصله، حداکثر
از & nbsp؛ که در آن interval.pi = max.max.
& nbsp؛ در فاصله زمانی انتخاب کنید، تعداد (*) از گروه T توسط فاصله.
تقدیرنامه ها
ما از به Francesc لوپز-Giraldez و جفری تاونسند را برای ما فراهم یک کپی از وب برنامه کد منبع خود را. BCF تشکر S هابل و P Gowaty
در مورد نیاز:.
پایتون
SciPy
NumPy
DendroPy
hyphy2 (لطفا دانلود کنید و یا ساخت یک hyphy2 تک رشته ای)
نظر یافت نشد