مراحل یک بسته برای شبیه سازی تصادفی دقیق سیستم واکنش انتشار در هندسه خودسرانه پیچیده 3D است. الگوریتم شبیه سازی اصلی ما اجرای SSA گیلیسپی است، توسعه یافته به مقابله با انتشار مولکول های بیش از عناصر مش چهار ضلعی 3D.در حالی که به طور عمده برای شبیه سازی مدل دقیق از مسیرهای سیگنالینگ عصبی در دندریت ها و اطراف سیناپس...
(اشیاء گروه های عصبی) NEO و یک پروژه به ارائه یک مجموعه مشترک از کلاس های پایه در تجزیه و تحلیل داده های عصبی مورد استفاده قرار گیرد، با هدف گرفتن OpenElectrophy، NeuroTools و پروژه شاید دیگر با اهداف مشابه نزدیک تر با هم است.دو هدف عمده را که تا کنون تعریف شده است:و nbsp؛ * اولین نقطه عطف این است که تعریف نام کلاس...
در OpenElectrophy یک چارچوب برای تسهیل دستکاری، ذخیره سازی و تجزیه و تحلیل داده های الکتروفیزیولوژیک است. این می تواند داده ها را از بسیاری از فرمت های فایل های مختلف واردات و ذخیره آنها را در یک پایگاه داده SQL-نوع تک.ابزار تجزیه و تحلیل شامل در OpenELectrophy هستند تشخیص نوسان و تشخیص سنبله. تجزیه و تحلیل بیشتر به...
در PEAT مجموعه ای از برنامه های برای گرفتن، پیش بینی و تجزیه و تحلیل ویژگی بیوفیزیکی از پروتئین است.http://enzyme.ucd.ie/PEAT برای اسناد، دستورالعمل ها، تصاویر و غیره مشاهده مورد نیاز:. ...
در لانه-ویلر Aligner (BWA) یک برنامه کارآمد که گیرنده توالی نوکلئوتیدی نسبتا کوتاه در برابر دنباله مرجع طولانی مانند ژنوم انسان است.نرم افزار پیاده سازی دو الگوریتم، BWA-کوتاه و BWA-SW. آثار سابق برای پرس و جو توالی کوتاه تر از 200bp و دومی برای توالی دیگر تا حدود 100kbp.هر دو الگوریتم انجام ترازی gapped. آنها معمولا...
. SSuMMo یک کتابخانه از توابع طراحی اطراف مکررا با استفاده از hmmer به اختصاص توالی به گونه و nbsp است؛ نتایج درختان بسیار مشروح نشان گونه / توزیع جنس در آن جامعه است.برنامه همراه با کد منبع شامل ابزار به: -- ساخت یک پایگاه داده سلسله مراتبی از مدل پنهان مارکوف - dictify.py.- اختصاص توالی به نام طبقه بندی به رسمیت...
در گاوماهیان است یک API پایتون برای خواندن فایل های داده های باینری ایجاد شده با استفاده گاوماهیان نسل بعدی چارچوب مدیریت داده ها.به طور معمول، این شاخه می آید به عنوان بخشی از بسته گاوماهیان کامل، در دسترس از:& nbsp؛ از HTTP: //goby.campagnelab.org/بسته کامل شامل کد منبع جاوا. اگر شما از PyPI و یا برخی از منبع پایتون...
در PySCeS یک پروژه توسط سه گانه-J گروه برای سلول مولکولی فیزیولوژی و nbsp توسعه یافته است؛ به منظور مدل را امتحان کنید و درک فرآیندهای پیچیده و سیستم های که سلول زنده را تشکیل می دهند ویژگی ها:. یک زبان توصیف مدل مبتنی بر متن.ماژول تجزیه و تحلیل ساختاری.انتگرال برای شبیه سازی زمانحل غیر خطی برای تجزیه و تحلیل حالت...
. Pysam یک ماژول پایتون برای خواندن و دستکاری Samfiles و nbsp است. این یک لفاف بسته بندی سبک وزن از samtools C-API است.راهنمای سریع است که در اینجا. مستندات دقیق بیشتر اینجا موجود است.پرسش ها و نظرات بسیار خوش آمدید و باید به گروه کاربر pysam در http://groups.google.com/group/pysam-user-groupWhat ارسال جدید در این...
. TRMiner ابزار پایتون است که هدف در موزه داران داده های علمی و nbsp است؛ این اجازه می دهد تا به سرعت در حال هرس مجموعه زیادی از نشریات علمی به احکام مربوط به یک هدف استخراج داده شده است.این است که در دو مرحله به دست آورد. اول، متون را به توالی از نشانه برای کلمات مرتبط tranlated. دوم، الگوهای عبارات منظم در توالی...
