BioJava

نرم افزار تصویر:
BioJava
جزئیات نرم افزار:
نسخه: 4.1.0 به روز شده
ها تاریخ: 10 Dec 15
توسعه دهنده: BioJava Development Team
پروانه: رایگان
محبوبیت: 172

Rating: 1.0/5 (Total Votes: 1)

این فراهم می کند روال های تحلیلی و آماری، تجزیه کننده از فرمت های فایل های مشترک و اجازه می دهد تا از دستکاری در توالی و سازه های 3D.

در BioJava یک ابزار برای کاوش فرصت جاوا در جهان بیوانفورماتیک است

چه در این نسخه است جدید :

  • از ورود به سیستم خطا سازگار. SLF4J است برای ورود به سیستم استفاده می شود و آداپتورهای آنان فراهم می کند برای تمام پیاده سازی عمده ورود به سیستم.
  • در
  • در بهبود مدیریت استثنا.
  • از روش منسوخ شده حذف شده است.
  • در گسترش آموزش BioJava.
  • در
  • در روز وابستگی که در آن قابل اجرا است.
  • موجود در MAVEN مرکزی.
  • در

چه در نسخه 4.0.0 است جدید :

  • از ورود به سیستم خطا سازگار. SLF4J است برای ورود به سیستم استفاده می شود و آداپتورهای آنان فراهم می کند برای تمام پیاده سازی عمده ورود به سیستم.
  • در
  • در بهبود مدیریت استثنا.
  • از روش منسوخ شده حذف شده است.
  • در گسترش آموزش BioJava.
  • در
  • در روز وابستگی که در آن قابل اجرا است.
  • موجود در MAVEN مرکزی.
  • در

چه است جدید در نسخه 3.1.0:

  • از ویژگی های جدید:
  • CE-CP نسخه 1.4، با پارامترهای اضافی
  • از به روز رسانی به دامنه 2.04
  • از بهبود در فستک تجزیه
  • در رفع اشکالات در PDB تجزیه
  • از اصلاحات جزیی در صف ساختار

چه در نسخه 3.0.8 است جدید :

  • جدید:
  • نویسنده ژنی
  • در تجزیه کننده برای فایل کاریوتایپ از UCSC
  • در تجزیه کننده برای مکان های ژن از UCSC
  • در تجزیه کننده برای نام ژن فایل از genenames.org
  • ماژول برای کد رگرسیون کاکس برای تجزیه و تحلیل بقا
  • در محاسبه سطح دسترسی (ASA)
  • در
  • ماژول برای تجزیه فایل های .OBO (هستی شناسی)
  • در
  • در بهبود:
  • نمایندگی از Scop شباهت و برکلی-Scop شباهت طبقه بندی کنید

چه در نسخه 3.0.7 است جدید :

  • اضافه شدن یک تجزیه کننده ژنی عمومی
  • را.
  • رفع مشکل هنگام ترجمه کدون با N.
  • در
  • در حال حاضر می تواند اوراق قرضه در ساختارهای پروتئینی استنباط است.
  • اضافه شدن پشتیبانی برای تجزیه سوابق mmcif برای ارگانیسم و ​​سیستم بیان است.
  • در بسیاری از رفع اشکال کوچک و بهبود.

چه در نسخه 3.0.6 است جدید :

  • توسعه به GitHub در نقل مکان کرد: https: // را github.com/biojava/biojava

چه در نسخه 3.0.5 است جدید :

  • در تجزیه کننده جدید برای طبقه بندی فیلتر های
  • در تجزیه کننده جدید برای فرمت فایل استکهلم.
  • قابل توجهی بهبود یافته نمایندگی از مجامع بیولوژیکی از ساختارهای پروتئینی. هم اکنون می توانید دوباره ایجاد مونتاژ بیولوژیکی از واحد نامتقارن است.
  • در رفع چند اشکال.
  • در

چه است جدید در نسخه 3.0.4:

  • در این عمدتا نسخه اشکال در پرداختن به مسائل است پروتئین ساختار و اختلال ماژول.
  • از یکی از ویژگی های جدید: داده Scop شباهت حال حاضر می توان هم از سایت اصلی Scop شباهت در انگلستان و یا نسخه برکلی دیده

چه در نسخه 3.0.3 است جدید :

  • از بهبود قابل توجه به ماژول وب سرویس (انفجار NCBI و خدمات وب hmmer).
  • & quot؛ را جدید & quot؛ تجزیه کننده فستک (به نسخه 3 منتقل شده از سری biojava 1).
  • در
  • را پشتیبانی sifts از-PDB به نقشه برداری Uniprot در.
  • ماژول Protmod به modfinder تغییر نام داد.

چه در نسخه 3.0.2 است جدید :

  • از پروتئین ساختار: دست زدن به بهبود دامنه پروتئین: در حال حاضر پشتیبانی Scop شباهت. قابلیت های جدید برای پیش بینی های خودکار از دامنه پروتئین، بر اساس پروتئین دامنه تجزیه کننده.
  • در
  • از پیشرفت های جزئی و رفع اشکال در چندین ماژول های دیگر.
  • biojava3-AA-سرپا نگه داشتن: این ماژول جدید اجازه می دهد محاسبه شیمیایی فیزیکی و خواص دیگر از توالی پروتئین
  • را.
  • biojava3 پروتئین اختلال: یک ماژول جدید برای پیش بینی اختلال در مناطق پروتئین. این بر اساس یک اجرای جاوا از پیش بینی RONN.
  • در

چه است جدید در نسخه 3.0.1:

  • این است که عمدتا 3.0.1 نسخه رفع اشکال انتشار برای 3.0 منتشر اخیر که بازنویسی عمده از پایه کد biojava ارائه شده است.

در مورد نیاز است :

  • جاوا 1.6 یا بالاتر

نرم افزار های مشابه

MathJax
MathJax

9 Feb 16

FlexUnit
FlexUnit

13 May 15

SWI-Prolog
SWI-Prolog

1 Oct 15

Latinum
Latinum

10 Dec 15

نظرات به BioJava

نظر یافت نشد
اضافه کردن نظر
روشن کردن تصاویر!