طراحی و توسعه یک تیم بین المللی از توسعه دهندگان آن به تلاش های مشترک توزیع به منظور توسعه کتابخانه های پایتون و برنامه های کاربردی که رسیدگی به نیازهای آثار فعلی و آینده در بیوانفورماتیک است
چه در این نسخه جدید است.
در Bio.Phylo در حال حاضر ساخت و ساز درخت و ماژول اجماع، از روی کار GSoC توسط Yanbo یه.
Bio.Entrez در حال حاضر به طور خودکار دانلود کنید و کش فایل های جدید NCBI DTD برای تجزیه XML تحت دایرکتوری خانه کاربر (با استفاده از ~ / .biopython در یونیکس مانند سیستم، و $ APPDATA / biopython بر روی ویندوز).
Bio.Sequencing.Applications در حال حاضر شامل یک wrapper برای ابزار samtools خط فرمان.
Bio.PopGen.SimCoal در حال حاضر نیز پشتیبانی fastsimcoal.
SearchIO hmmer3 متن، hmmer3-تب، و hmmer3-domtab در حال حاضر خروجی از hmmer3.1b1 حمایت.
BioSQL هم اکنون می توانید بسته خروجی زیر کانکتور (موجود برای پایتون 2، 3 و پایپای) استفاده به عنوان جایگزینی برای MySQLdb (پایتون 2 تنها) برای اتصال به یک پایگاه داده MySQL.
جدید در نسخه 1.63 است:
در حال حاضر با استفاده از پایتون 3 سبک ساخته شده است در عملکرد بعدی در محل از روش () .next پایتون 2 سبک تکرارکننده.
نسخه فعلی حذف نیاز به کتابخانه 2to3.
جدید در نسخه 1.62 است:
به انتشار اولین Biopython که رسما پشتیبانی از پایتون 3.
جدید در نسخه 1.60 است:
ماژول جدید Bio.bgzf پشتیبانی از خواندن و نوشتن فایل های BGZF (مسدود GNU فایل های فشرده با فرمت)، یک نوع GZIP با دسترسی تصادفی کارآمد، شایع ترین به عنوان بخشی از فرمت فایل BAM و در tabix استفاده می شود.
تجزیه Tree of Life برو / EMBL در حال حاضر یک هشدار در مکان های از ویژگی های ناشناخته را و ادامه تجزیه (ترک محل از ویژگی به عنوان هیچ).
Bio.PDB.MMCIFParser در حال حاضر به طور پیش فرض وارد (اما هنوز تحت جایتون، پایپای یا پایتون 3 در دسترس نیست).
جدید در نسخه 1.59 است:
در Bio.TogoWS ماژول جدید ارائه می دهد لفاف بسته بندی برای API TogoWS استراحت.
NCBI آنتره واکشی تابع Bio.Entrez.efetch به روز شده است که مسئولیت رسیدگی به دست زدن به NCBI را سختگیرانه تر از استدلال ID متعدد در EFetch 2.0.
جدید در نسخه 1.58 است:
یک رابط و تجزیه کننده های جدید برای PAML (آنالیز فیلوژنتیک با ماکزیمم احتمالات) بسته برنامه، حمایت از codeml، baseml و yn00 و همچنین به عنوان یک پایتون دوباره اجرای chi2 به عنوان ماژول Bio.Phylo.PAML اضافه شد.
Bio.SeqIO در حال حاضر شامل پشتیبانی خوانده شده برای فایل های ABI (& quot؛ را سنگر و & quot؛ فایل های ردیابی توالی مویرگی، حاوی توالی به نام با کیفیت PHRED).
Bio.AlignIO ها & quot؛ فست ای-M10 & quot؛ را تجزیه کننده برای مقابله با خطوط نشانگر به عنوان در فست ای نسخه بیل پیرسون 3.36 استفاده به روز شد.
جدید در نسخه 1.57 است:
در Biopython هم اکنون می توانید با پیپ نصب شود.
جدید در نسخه 1.56 است:
ماژول Bio.SeqIO به روز شده است برای حمایت از پروتئین فایل EMBL (مورد استفاده برای پایگاه داده اختراع ثبت شده)، فایل های IMGT (یک نوع دیگر از EMBL فایل فرمت، با کمک از یوری Laserson)، و UniProt فایل های XML.
جدید در نسخه 1.55 است:
در بسیاری از کار به سمت حمایت پایتون 3 (از طریق اسکریپت 2to3) بوده است، اما اگر ما چیزی را شکست شما باید هر گونه تغییر متوجه نیست .
از نظر ویژگی های جدید، برجسته قابل توجه این است که خط فرمان کلاس برنامه ابزار لفاف بسته بندی در حال حاضر اجرایی، که باید آن را بسیار آسان تر به تماس ابزار خارجی.
مورد نیاز:
پایتون 2.6 یا بالاتر
نظر یافت نشد