در این فراهم می کند کلاس ها و توابع برای کار با داده فیلوژنتیک مانند درختان و ماتریس شخصیت.
این برنامه همچنین از خواندن و نوشتن داده ها در طیف وسیعی از فرمت استاندارد فیلوژنتیکی داده، مانند نکسوس، NeXML، Phylip، NEWICK، فست، و غیره.
علاوه بر این، اسکریپت برای انجام برخی از محاسبات فیلوژنتیک مفید به عنوان بخشی از کتابخانه، مانند SumTrees، که به طور خلاصه برای حمایت از انشعابات و یا clades داده شده توسط یک نمونه خلفی درخت فیلوژنتیک توزیع شده است.
اسناد و فایل های آموزش در بسته دانلود وجود دارد گسترش
چه جدید در این نسخه است:
در زیرساخت های جدید برای حاشیه نویسی ابرداده: AnnotationSet و حاشیه نویسی.
پشتیبانی کامل از NeXML 0.9 ابرداده تجزیه و نوشتن.
get_from_url () و read_from_url () روش در حال حاضر برای خواندن فیلوژنتیکی داده از URL اجازه دهد.
او GBIF ماژول قابلیت همکاری (& quot؛ را dendropy.interop.gbif و & quot؛).
جدید در نسخه 3.12.2 است: برای حاشیه نویسی ابرداده
زیرساخت های جدید: AnnotationSet و حاشیه نویسی.
پشتیبانی کامل از NeXML 0.9 ابرداده تجزیه و نوشتن.
get_from_url () و read_from_url () روش در حال حاضر برای خواندن فیلوژنتیکی داده از URL اجازه دهد.
او GBIF ماژول قابلیت همکاری (& quot؛ را dendropy.interop.gbif و & quot؛).
جدید در نسخه 3.11.0 است:
اسکریپت نرم افزار جدید برای الحاق برچسب شاخه از درختان در سراسر ورودی چندگانه: sumlabels.py.
جدید dendropy.interop.seqgen.SeqGen کلاس قابلیت همکاری: لفاف بسته بندی برای SEQ-ژنرال را به کتابخانه یکپارچه شده است.
تابع جدید قابلیت همکاری dendropy.interop.muscle.muscle_align (): لفاف بسته بندی برای ترازی عضله.
جدید dendropy.interop.raxml.RaxmlRunner کلاس قابلیت همکاری: لفاف بسته بندی برای RAxML.
روش prune_taxa () به CharacterMatrix اضافه شده است.
ماژول های ریاضی به subpackage خود نقل مکان کرد: dendropy.mathlib.
ماژول جدید برای ماتریس و بردار محاسبات: dendropy.mathlib.linearalg.
ماژول جدید برای محاسبه فاصله آماری: dendropy.mathlib.distance.
خانواده ماهالانوبیس توابع محاسبه فاصله در dendropy.mathlib.distance: squared_mahalanobis، squared_mahalanobis_1d، ماهالانوبیس، mahalanobis_1d.
ویژگی های جدید:
جدید در نسخه 3.9.0 است:
تضاد مستقل فیلوژنتیک (PIC) تجزیه و تحلیل هم اکنون می توانید با استفاده از کلاس dendropy.continuous.PhylogeneticIndependentContrasts انجام می شود.
ساده پیوسته موجود (درخت ژن در درخت گونه) شبیه سازی.
تغییرات:
آرگومان های کلیدی به as_string ()، write_to_path (روش)، write_to_file، و غیره بهینه سازی شده است برای تبدیل شدن به برای Nexus و فرمت های Newick بیشتر سازگار است. کلمات کلیدی قبلی هنوز هم حمایت، اما بد دانسته خواهد شد. کد عکس:: مجموعه ای جدید از آرگومان های کلیدی پشتیبانی را می توان در دیده Nexus و Newick نوشتن سفارشی سازی & # x3c؛ Customizing_Writing_NEXUS_and_Newick & # x3e. بخش.
Nexus و Newick فرمت اکنون به طور پیش فرض به حروف حساس برچسب تاکسون. case_insensitive_taxon_labels = غلط برای مورد حساسیت را مشخص کنید.
رفع اشکال:
خواندن شخصیت لایه ماتریس نتایج دیگر در بلوک زیر بودن جست وخیز (NEXUS).
گرفتار OverflowError در هنگام محاسبه آمار خلاصه.
جدید در نسخه 3.8.0 است:
اشیاء درخت هم اکنون می توانید در نقطه میانی rerooted شود (نگاه کنید Tree.reroot_at_midpoint ()).
حاشیه نویسی (به عنوان مثال، از صفات درخت، گره و یا لبه اشیاء که تا به حال و & quot؛ حاشیه نویسی () & quot؛ را به نام بر روی آنها) در هنگام نوشتن NEXUS / فرمت NEWICK هم اکنون می توانید به عنوان نظر ابرداده (؛؛ [و درست = ارزش] و & quot و & quot) نوشته شود اگر annotations_as_comments استدلال کلمه کلیدی استفاده شده است.
هنگام خواندن در درختان NEXUS / فرمت NEWICK، مشخص extract_comment_metadata = درست در نظر ابرداده منجر به به فرهنگ لغت کشیده، با کلید های بودن فیلدهای و ارزش بودن مقادیر فیلد است.
هنگام خواندن داده با فرمت NEXUS، مجموعه بلوک های پردازش شود خواهد، و مجموعه کاراکتر به CharacterDataMatrix مربوطه تجزیه شده است.
شخصیت ها را (به عنوان مثال، از تجزیه NEXUS ست بلوک: بالا را ببینید) می تواند به عنوان اشیاء CharacterDataMatrix جدید صادر شده، و ذخیره شود / دستکاری / و غیره. independentally.
هنگام نوشتن در NEXUS یا NEWICK فرمت های، write_item_comments استدلال کلمه کلیدی (درست یا غلط) می توانید کنترل کنید که آیا نظر گسترش در ارتباط با گره بر روی درختان خواهد شد نوشته شده است یا نه.
کلاس TopologyCounter اضافه شده به dendropy.treesum: اجازه می دهد تا برای ردیابی از فرکانس توپولوژی.
treesplits.tree_from_splits () اجازه می دهد تا احداث (توپولوژی تنها) از درختان از مجموعه ای از انشعابات.
بیشترین قابلیت که استفاده می شود، dendropy.treemanip "در حال حاضر به عنوان روش های بومی از کلاس dendropy.Tree مهاجرت کردند. "dendropy.treemanip، بد دانسته می شود.
درختان هم اکنون می توانید بر اساس لیست برچسب گونه به حذف یا نگه داشتن (پیش از این، روش تنها لیستی از اشیاء آرایه قبول) هرس شوند.
ویژگی های جدید:
جدید در نسخه 3.7.1 است:
پیاده سازی "رویکرد کلی نمونه برداری (هارتمن و همکاران، 2010: نمونه برداری از درختان از مدل های تکاملی؛ سیستمهای Biol 49، 465-476.) به روش شبیه سازی درختان از مدل تولد مرگ است.
تغییرات:
درست / نام سازگار برای برخی از توابع احتمال.
رفع اشکال:
اشکال در تأیید جای نوشتن از فایل خروجی هنگام استفاده از "-e 'SumTrees / - تقسیم لبه' گزینه.
باستان و grizzled به مرجع نیمه فسیل به taxa_block، اصلاح به taxon_set.
جدید در نسخه 3.7.0 است:
مهاجرت به مجوز BSD سبک.
جدید در نسخه 3.6.1 است:
در حال حاضر کار SumTrees (در حالت سریال) تحت نسخه های قدیمی تر پایتون (به عنوان مثال & # x3c؛ 2.6).
رفع برای سازگاری با 2.4.x. پایتون
جدید در نسخه 3.5.0 است: روش
اضافه شده ladderize ()، به منظور گره ها در صعودی (پیش فرض) یا نزولی (ladderize (سمت راست = واقعی)) سفارش.
او و & quot؛ وحش خلاصه درخت و & quot؛ مشخصات طرح به روند درختان اجماع BEAST مشروح.
اضافه شدن ماژول جدید برای تعامل با پایگاه های داده NCBI: dendropy.interop.ncbi.
جدید در نسخه 3.4 است:
در ez_setup.py همراه به روز رسانی به آخرین نسخه.
مورد نیاز:
پایتون 2.4-3.0
نظر یافت نشد