در این پروژه ماروین ارائه می دهد مجموعه ای از ابزارهای جاوا برای نقاشی، نمایش و توصیف ساختار شیمیایی، زیرساختهای و واکنش.
ماروین می توان به راحتی بر روی دسکتاپ شما نصب شده و یکپارچه به صفحات وب و برنامه های شخص ثالث از طریق رابط کاربردی برنامه نویسی آن (API) یکپارچه شده است.
خانواده ماروین شامل ابزارهای زیر است:
* * * * MarvinSketch
* * * * MarvinView
* * * * MarvinSpace
* * * * MolConverter
اپلتها یا لوبیا؟
ماروین موجود در دو بسته بسته به نوع استفاده است:
* * * * ماروین اپلتها برای توسعه دهنده وب
* لوبیا ماروین برای دسکتاپ شیمیدان و برای توسعه دهنده نرم افزار.
ماروین اپلتها ابزار برای ساخت صفحات وب شیمیایی، که سازگار با اکثر مرورگرها (اینترنت اکسپلورر، فایرفاکس، سافاری، اپرا، و غیره) آنها ارائه دسترسی از / به جاوا اسکریپت و قابل تنظیم توسط پارامترهای اپلت هستند.
لوبیا ماروین برنامه به راحتی قابل نصب برای دسکتاپ و ابزار برای یکپارچه سازی قابلیت های ماروین به هر نرم افزار جاوا می باشد
چه در این نسخه جدید است.
MarvinSketch:
جستجو پایگاه داده عمومی در chemicalize.org.
امکان تغییر جهت لیگاند در MarvinSketch.
مه اثر را می توان به روش های مختلف کنترل:
یک نوار لغزنده بر روی زبانه صفحه نمایش از گفتگوی ترجیحات در درس / نمایش رابط کاربری گرافیکی برای تنظیم قدرت از مه اثر و چک باکس به خاموش کردن اتوماتیک مه اثر وجود دارد.
پارامترهای اپلت و لوبیا معرفی: fogFactor، automaticFogEnabled. (موضوع انجمن).
اتصال به یک نقطه دلبستگی گروه به صورت خودکار گروهبندی بیرون آور نیست Sgroup دیگر.
تعیین محتوای S-گروه: چند و عمومی S-گروه باید شامل تمام گراف بین اوراق قرضه عبور از براکت.
به روز رسانی محتوای S-گروه اگر مواضع براکت تغییر: یا براکت و یا ساختار منتقل شده است.
کدهای جاسازی S-گروه و همپوشانی در وارسی پایداری مولکول بررسی می شود.
واردات SMARTS کربن آلیفاتیک با پیوند دوگانه (انجمن موضوع) پشتیبانی می کند.
SMILES واردات / صادرات allenes پشتیبانی می کند.
تولید نام سنتی برای قطعات در داخل یک ترکیب بزرگتر (به عنوان مثال & quot؛ را hydrobromide دکسترومتورفان و & quot؛).
پشتیبانی از CAS تبدیل عدد است.
بهبود تصحیح OCR خطا در DocumentExtractor (کاما از دست رفته، نوع پرانتز misrecognized، فضاهای اضافی، ...).
استخراج سند در اسناد PDF در حال حاضر، تعداد صفحه بازدیدها.
پشتیبانی بهبود یافته برای نام مشترک در ساختار به نام و نام به ساختار. حمایت عمومی برای نام واردات حدود 5٪ برای مشترک و 10٪ برای نام سیستماتیک افزایش یافته است. سرعت تبدیل شده است در حدود 20٪ افزایش یافته است.
JChem و ماروین لوبیا نصب برای ویندوز نیز استخراج اسکریپت پوسته برای از Cygwin.
حفظ گروه exocycyclic در چارچوب BEMIS-Murcko.
هالوژن می تواند بیش از یک اتصال در طول شمارش داشته باشد.
اوراق قرضه معطر در طول محاسبه تعداد اوراق قرضه دو برای چک کردن اموال همسانی در نظر گرفته.
حالت انتخاب کمند می تواند مجموعه ای به طور پیش فرض در MSketchPane (انجمن موضوع).
یک تابع جدید، isChiral شده است به TopologyAnalyzer اضافه شده است.
جدید توابع شرایط Chmical: isQuery ()، fieldAsString ().
رفع اشکالات:
نام جعبه پس از ایجاد گروه به روز نمی شد چون ایجاد یک گروه به حساب تغییر نمودار ثابت (انجمن موضوع) را افزایش نمی دهد.
برنامه MarvinSketch را متوجه نمی شود & quot؛ - {نام} & quot؛ را پارامتر خط فرمان.
زمانی که ساختار ها & gt؛ یافتن ساختار منو آنلاین تحت لینوکس استناد شد، مرورگر به طور پیش فرض نمی توان کشف کرد برای نمایش نتیجه (انجمن موضوع).
بارگذاری فایل isotopes.data از کش جاوا شکست خورده اگر نسخه غیر فشرده آن در حافظه پنهان (به عنوان مثال اگر uncompression به طور خودکار توسط وب سرور توسط ماروین انجام شد، و نه) ذخیره شده بود. موضوع انجمن، اسناد.
اشیاء گرافیکی در پنجره نتیجه هندسه پلاگین نمایش داده نمی شد.
در الکترون جریان فلش، جعبه آبی برای برجسته (موضوع انجمن) از دست رفته بود.
منظور لیگاند در داربست شد نمایش داده می کنید اگر تعاریف حذف شد، حتی اگر & quot؛ همیشه و & quot؛ گزینه صفحه نمایش برای & quot تنظیم شد. سفارشات لیگاند ها & quot؛ در گفت و گو تنظیمات.
فهرست اتم چند بعد از صادرات به فرمت MDL مول اگر آن را به R-گروه متصل شد فاسد شد.
فلش گیر به مستطیل در طول MRV واردات / صادرات (انجمن موضوع) آسیب دیده بود.
واردات از مجموع 1-نامه پپتید در یک هیستیدین تک (انجمن موضوع) شکست خورده است.
هیدروژن ضمنی توسط واردات از SKC از دست رفته بودند.
ارزش ملک صفر MolAtom شد صادر / وارد نشده در قالب MRV.
با وارد SMARTS خاص، نوع باند اشتباه به جای باند یک یا معطر تعیین شد.
براکت خاصی وارد شده از فایل های CDX کشیده شده در ChemDraw در جهت اشتباه نمایش داده شد.
صادرات SMARTS: 1-اتم همسایه تک باند حلقه آروماتیک به عنوان باند تک به جای تک / معطر صادر شد.
نمایش داده شد صادرات با گره لینک و R-گروه در قالب SMARTS نادرست بود.
دست زدن به اتم H مبهم در SMARTS عبارات بود.
مول نظر فایل درست واردات شکست خورده است.
واردات از لبخند خاصی اشتباه (موضوع انجمن) بود.
اگر الگو شامل بخش های زنجیره ای است که می تواند در هدف به عنوان بخشی از یک حلقه (یا سیستم حلقه) واقع ما باید که بخشی از الگو را نادیده گرفت.
زیبا با Hydrogenize گزینه Clean3D به S-گروه به طور خودکار (موضوع انجمن) گروهبندی بیرون آور نیست.
Molecule.contractSgroups () messed تا مختصات مولکول (انجمن موضوع).
هیدروژن صریح و روشن شد به درستی به حساب در محاسبه فضایی کشورهای مستقل مشترک المنافع / ترانس گرفته شده است.
ژنراتور توتومر ArrayIndexOutOfBoundsException در برخی موارد انداخت.
شمارش همسانی مولکول متناقض برای برخی از ورودی VMN تولید می شود.
تعداد دفعات مشاهده اتهام نادرست پس از اعمال CovalentCounterion دلال.
فرمت خروجی ورود به سیستم از خط فرمان StructureChecker از فرمت خروجی از جادوگر متفاوت بود.
ChiralFlagErrorChecker بود کایرالیتی درستی رسیدگی نیست. به جای محاسبه کایرالیتی از داده های برابری، از آن استفاده یک پیاده سازی بر اساس روش isChiral از TopologyAnalyser.
جدید در نسخه 5.4.0.1:
Highlighting از الکترون فلش جریان است اشتباه بود که پایه و یا پایان نقطه باند (موضوع انجمن) بود.
پیکربندی منو سریال کار نمی کند.
شاخص از اتم چند نادرست در طول صادرات MDL MOLFile در مورد ساختار که در آن R-گروه به اتم چند (اوراق قرضه تنوع موقعیت) متصل شد ساخته شده است.
هیدروژن ضمنی از اتم پس از واردات و یا رب سازه در ISIS / Symyx فرمت فایل طرح (فرمت فایل SKC) از دست رفته بودند.
فایل های CDX از جمله اشیاء گرافیکی دوران صادر شده از نسخه های قدیمی از ChemDraw نمی تواند وارد شود.
محاسبه توتومر
عمومی توتومر بود به اندازه کافی منحصر به فرد در برخی موارد نیست. با توجه به ثابت، توتومر عمومی فرم معطر ارائه شده است.
محاسبه توتومر Canoncical شده است با توجه به ثابت از dearomatization بهبود یافته است.
ساختار خاص با هیدروژن صریح و روشن در ارتباط با باند گوه در طول عمومی tautomerization یک استثنا داد.
محاسبه حجم از cxcalc از دست رفته بود.
ساختار جستجوگر NullPointerException انداخت به جای نادیده گرفتن فایل پیکربندی نادرست.
جدید در نسخه 5.1.03.2:
IUPAC نام واردات است: تبدیل نام IUPAC به ساختار.
OLE پشتیبانی 2: پشتیبانی بهبود یافته از چسباندن MarvinSketch اشیاء به اسناد دفتر MS.
شرایط شیمیایی: در دسترس از ماروین در خط فرمان، API و می تواند در اسکریپت جاوا (در اپلتها) استفاده می شود.
مقدار دهی اولیه از MarvinSketch و MarvinView تسریع در راه اندازی، هر دو به عنوان نسخه مستقل، و به عنوان جزء اجرا در برنامه های کاربردی دیگر.
مورد نیاز:
جاوا 2 نسخه استاندارد محیط زمان اجرا
نظر یافت نشد