عمومی محلی ترازبندی ابزار جستجو است در BLAST کوتاه مجموعه ای از برنامه های جست و جو شباهت طراحی شده برای کشف تمام از دنباله در دسترس پایگاه داده صرف نظر از اینکه پرس و جو پروتئین یا DNA است.
این استفاده از یک الگوریتم ابتکاری که محلی به دنبال به صف جهانی مخالف است، و در نتیجه قادر به تشخیص روابط بین توالی که فقط مناطق جدا شده از شباهت به اشتراک بگذارید.
این را می توان به صورت محلی به عنوان یک اجرایی کامل اجرا شود، و می تواند مورد استفاده قرار گیرد برای اجرای جستجو BLAST در برابر، پایگاه داده محلی خصوصی، و یا دانلود نسخه از پایگاه داده NCBI. این در سیستم عامل مک، های Win32، لینوکس، سولاریس، آی بی ام AIX، SGI، پرینتر OSF، و HP- UX سیستم اجرا می شود
چه در این نسخه جدید است.
ارتقاء:
مستندات پیشرفته، شامل دستورالعمل تنظیم ساده، موجود در http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK1762
اضافه شدن پشتیبانی از سخت پوشش از پایگاه داده ها BLAST.
بهبود عملکرد makeblastdb برای ورودی فست ای با تعداد زیادی از توالی، بهبود کنترل خطا.
اجازه بهترین گزینه ضربه و XML قالب برای حالت Blast2Sequences
اجازه توالی پرس و جو های متعدد برای psiblast.
اجازه مشخصات هر رشته توالیها به عنوان استاد با این استدلال psiblast -in_msa.
اضافه کردن یک آرگومان -input_type اختیاری به makeblastdb.
اضافه شدن پشتیبانی از پرس و جو و طول منوط به خروجی جدولی.
عملکرد استدلال -seqidlist بهبود یافته است.
حداقل تعداد توصیف و تعهدات در حال حاضر برای جدولی و خروجی XML (سازگار با رفتار از برنامه های کاربردی blastall قدیمی تر) استفاده می شود.
رفع اشکال:
Makeblastdb و مشکلات blastdbcmd با تجزیه، ذخیره سازی، و بازیابی شناسه دنباله.
گمشده شناسه موضوع در خروجی جدولی.
Blast_formatter نادیده گرفتن -num_alignments و -num_descriptions
قالب آرشیو انفجار می تواند به اشتباه با چند نمایش داده شد نجات داد.
Blast_formatter اتصال شبکه های غیر ضروری تاسیس.
Blast_formatter نجات نداد پوشش اطلاعات صحیح.
Rpstblastn ممکن است اگر در جستجوی توالی بسیاری از سقوط.
megablast ایندکس نمی خواهد در حالت چند موضوعی را اجرا کنید.
عنوان پرس و جو در PSSM ذخیره شده توسط psiblast در حال ذخیره نمی شد.
شکست احتمالی در حالت چند موضوعی با چند نمایش داده شد و یا توالی پایگاه داده بزرگ اجرا شود.
Tblastn اجرا می شود با پایگاه داده پوشش ممکن مسابقات را از دست ندهید.
خروجی کوتاه برای ورودی توالی با فاصله اضافی در defline
مشکل با فایل های باینری MacOSX در MacOSX 10.5
جدید در نسخه 2.2.24 است:
معرفی BLAST فرمت بایگانی اجازه مجدد از BLAST مستقل جستجو با blast_formatter.
این اضافه می کند پشتیبانی از ترجمه پوشش نرم موضوع در پایگاه داده های انفجار.
این اضافه می کند پشتیبانی از عملیات BLAST ردیابی پشت (btop) فرمت خروجی.
این اضافه می کند گزینه های خط فرمان به blastdbcmd برای لیست پایگاه داده های BLAST در دسترس است.
عملکرد بهبود یافته از قالب بندی جستجو BLAST از راه دور. با استفاده از یک کد خروجی سازگار برای از شرایط حافظه است.
ثابت برای یک اشکال در megablast نمایه با پایگاه داده انفجار فاصله از هم جدا متعدد.
جدید در نسخه 2.2.19 است:
در متغیر محیطی BLASTDB در حال حاضر پشتیبانی مسیرهای جستجو پایگاه داده های متعدد. در صورت امکان، یک جدول مراجعه پروتئین کوچکتر است به منظور بهبود عملکرد استفاده می شود.
formatrpsdb در حال حاضر پشتیبانی ایجاد پایگاه داده های بزرگتر از 2G.
seedtop در حال حاضر جستجو با فهرست دستگاه گوارش پشتیبانی می کند.
ارزش X3 برای blastn / megablast اصلاح شد.
نظر یافت نشد