BioJava

این فراهم می کند روال های تحلیلی و آماری، تجزیه کننده از فرمت های فایل های مشترک و اجازه می دهد تا از دستکاری در توالی و سازه های 3D.

در BioJava یک ابزار برای کاوش فرصت جاوا در جهان بیوانفورماتیک است

چه در این نسخه است جدید :

• از ورود به سیستم خطا سازگار. SLF4J است برای ورود به سیستم استفاده می شود و آداپتورهای آنان فراهم می کند برای تمام پیاده سازی عمده ورود به سیستم.
در
• در بهبود مدیریت استثنا.
• از روش منسوخ شده حذف شده است.
• در گسترش آموزش BioJava.
در
• در روز وابستگی که در آن قابل اجرا است.
• موجود در MAVEN مرکزی.
در

چه در نسخه 4.0.0 است جدید :

• از ورود به سیستم خطا سازگار. SLF4J است برای ورود به سیستم استفاده می شود و آداپتورهای آنان فراهم می کند برای تمام پیاده سازی عمده ورود به سیستم.
در
• در بهبود مدیریت استثنا.
• از روش منسوخ شده حذف شده است.
• در گسترش آموزش BioJava.
در
• در روز وابستگی که در آن قابل اجرا است.
• موجود در MAVEN مرکزی.
در

چه است جدید در نسخه 3.1.0:

• از ویژگی های جدید:
• CE-CP نسخه 1.4، با پارامترهای اضافی
• از به روز رسانی به دامنه 2.04
• از بهبود در فستک تجزیه
• در رفع اشکالات در PDB تجزیه
• از اصلاحات جزیی در صف ساختار

چه در نسخه 3.0.8 است جدید :

• جدید:
• نویسنده ژنی
• در تجزیه کننده برای فایل کاریوتایپ از UCSC
• در تجزیه کننده برای مکان های ژن از UCSC
• در تجزیه کننده برای نام ژن فایل از genenames.org
• ماژول برای کد رگرسیون کاکس برای تجزیه و تحلیل بقا
• در محاسبه سطح دسترسی (ASA)
در
• ماژول برای تجزیه فایل های .OBO (هستی شناسی)
در
• در بهبود:
• نمایندگی از Scop شباهت و برکلی-Scop شباهت طبقه بندی کنید

چه در نسخه 3.0.7 است جدید :

• اضافه شدن یک تجزیه کننده ژنی عمومی
را.
• رفع مشکل هنگام ترجمه کدون با N.
در
• در حال حاضر می تواند اوراق قرضه در ساختارهای پروتئینی استنباط است.
• اضافه شدن پشتیبانی برای تجزیه سوابق mmcif برای ارگانیسم و ​​سیستم بیان است.
• در بسیاری از رفع اشکال کوچک و بهبود.

چه در نسخه 3.0.6 است جدید :

• توسعه به GitHub در نقل مکان کرد: https: // را github.com/biojava/biojava

چه در نسخه 3.0.5 است جدید :

• در تجزیه کننده جدید برای طبقه بندی فیلتر های
• در تجزیه کننده جدید برای فرمت فایل استکهلم.
• قابل توجهی بهبود یافته نمایندگی از مجامع بیولوژیکی از ساختارهای پروتئینی. هم اکنون می توانید دوباره ایجاد مونتاژ بیولوژیکی از واحد نامتقارن است.
• در رفع چند اشکال.
در

چه است جدید در نسخه 3.0.4:

• در این عمدتا نسخه اشکال در پرداختن به مسائل است پروتئین ساختار و اختلال ماژول.
• از یکی از ویژگی های جدید: داده Scop شباهت حال حاضر می توان هم از سایت اصلی Scop شباهت در انگلستان و یا نسخه برکلی دیده

چه در نسخه 3.0.3 است جدید :

• از بهبود قابل توجه به ماژول وب سرویس (انفجار NCBI و خدمات وب hmmer).
• & quot؛ را جدید & quot؛ تجزیه کننده فستک (به نسخه 3 منتقل شده از سری biojava 1).
در
را پشتیبانی sifts از-PDB به نقشه برداری Uniprot در.
• ماژول Protmod به modfinder تغییر نام داد.

چه در نسخه 3.0.2 است جدید :

• از پروتئین ساختار: دست زدن به بهبود دامنه پروتئین: در حال حاضر پشتیبانی Scop شباهت. قابلیت های جدید برای پیش بینی های خودکار از دامنه پروتئین، بر اساس پروتئین دامنه تجزیه کننده.
در
• از پیشرفت های جزئی و رفع اشکال در چندین ماژول های دیگر.
• biojava3-AA-سرپا نگه داشتن: این ماژول جدید اجازه می دهد محاسبه شیمیایی فیزیکی و خواص دیگر از توالی پروتئین
را.
• biojava3 پروتئین اختلال: یک ماژول جدید برای پیش بینی اختلال در مناطق پروتئین. این بر اساس یک اجرای جاوا از پیش بینی RONN.
در

چه است جدید در نسخه 3.0.1:

• این است که عمدتا 3.0.1 نسخه رفع اشکال انتشار برای 3.0 منتشر اخیر که بازنویسی عمده از پایه کد biojava ارائه شده است.

در مورد نیاز است :

• جاوا 1.6 یا بالاتر