در سلول الکتروفیزیولوژی شبیه سازی محیط زیست (CESE) یک چارچوب جامع خاص طراحی شده برای انجام شبیه سازی محاسباتی الکتروفیزیولوژیک، به عنوان مثال، شبیه سازی از فعالیت الکتریکی قلب myocyte.
همراه الکتروفیزیولوژی شبیه سازی محیط زیست برای شبیه سازی پتانسیل های عمل، جریان یونی فردی، و تغییر در غلظت یونی نیز مفید است.
CESE برنامه کراس پلت فرم است، آن را بر روی هر سیستم است که جاوا محیط زمان اجرا (JRE) نسخه 1.4 یا بالاتر اجرا می شود. این بر روی ویندوز، لینوکس، سولاریس، MacOS اکس، و AIX مورد آزمایش قرار گرفت.
کاربران CESE
CESE یک محیط یکپارچه برای انجام شبیه سازی محاسباتی با استفاده از انواع مدل های الکتروفیزیولوژیک است.
در این مرحله CESE اجازه می دهد تا به ایجاد و اجرای مدل های تک سلولی (که شامل هر دو هوچکین-هاکسلی (HH) و فرمولاسیون های رایج Markovian). مدل ها از فعالیت الکتریکی قلب میوسیت با کد منبع در توزیع CESE گنجانده شده است. ما امیدواریم که به گسترش تعدادی از مدل های موجود، و اضافه کردن مدل های عصبی خاص در آینده است.
قدرت اصلی CESE در یکنواختی & # 65533 آن است. رابط برنامه همین کار را برای انواع مختلف مدل باقی مانده است. شما به راحتی می توانید بین مدل های تغییر دهید و مقایسه خروجی شبیه سازی. پارامترهای مدل می تواند اصلاح شود، برای خروجی انتخاب شده و / یا کلمپ در همان روش استاندارد.
CESE معنای الکتروفیزیولوژیک متعارف از "گیره ولتاژ" گسترش یافته است. شما می توانید تقریبا هر متغیر مدل، از جمله ولتاژ (پتانسیل غشاء)، کل و یا فردی جریان یونی، غلظت یونی، دما، متغیرهای راهگاهی، و غیره گیره دستورات بستن می تواند قطعه و زرنگ توابع پیچیده، به صورت جداگانه برای متغیر مدل مورد علاقه تنظیم . این باز می شود امکانات بی پایان برای کشف رفتار مدل پیچیده است.
CESE فراهم می کند ساده، اما کارآمد تصویری داده است. نتایج شبیه سازی را می توان در اشکال گرافیکی و جدول بندی ارائه شده است. قطعه می تواند سفارشی، و مناطق مورد علاقه بوده است.
حتی اگر CESE طراحی نشده به یک ابزار تجزیه و تحلیل داده ها، شما می توانید روابط جریان ولتاژ (I-VS) تولید و محاسبه پارامترهای آماری برای یک سیگنال داده شده در برنامه است. شما می توانید داده های خود را به ASCII صادرات، آکسون فایل متنی (ATF)، و فرمت های NetCDF به تجزیه و تحلیل در بسته بندی های مورد علاقه خود ادامه خواهد داد.
توسعه دهندگان CESE
CESE از زمین تا به ترکیب بهترین شیوه های برنامه نویسی را در اختیار توسعهدهندگان جاوا، هر دو از لحاظ قوام رابط کاربری و کد وضوح و استفاده مجدد ایجاد شده است. هر جا که ممکن است، CESE در API های جاوا در دسترس تکیه (برای مثال Java2D، JavaBeans را، JAXP) برای ساده سازی کد.
ایجاد مدل نیاز به تعدادی از توابع خانه دار، به کد گذاری شود & # 65533؛ این شامل انتگرال ODE، روال برای دست زدن به پارامترهای مدل، صرفه جویی در / بازگرداندن دولت مدل، تجسم نتایج شبیه سازی، و غیره CESE شما فراهم می کند با اجرای این روال، از این رو، شما می توانید در نوشتن کد برای جریان یونی بتن (بازدید کنندگان) تمرکز، و CESE را به بقیه اداره کند.
CESE در تلاش است به ایجاد چارچوب های برنامه نویسی پیچیده در 65533 خود & # آن؛ در عوض، آن با بهره گیری از رابط های برنامه کاربردی هسته ای جاوا. به عنوان مثال، مدل اجزای جاوا منطبق با مشخصات JavaBeans را دارند. ما با استفاده از XML را مشخص دستورات بستن، و جاوا ترتیب شی برای نجات / بازیابی پارامترهای مدل.
چه جدید در این نسخه:
نظر یافت نشد