اسکریپت ها در مجموعه DAWGPAWS طراحی شده اند برای تسهیل نسل توان بالایی از نتایج محاسباتی برای هر دو geneDAWGPAWS مجموعه ای از اسکریپت پرل نوشته شده در که در حال desinged برای کمک به گروه کاری حاشیه نویسی توزیع شده (DAWG) در حاشیه نویسی توالی از BAC اندازه است contigs. از آنجایی که این مجموعه از نرم افزار در ابتدا نوشته شده بود برای حاشیه نویسی BAC در گندم به طور تصادفی نمونه برداری، آن را به عنوان خط لوله به Annoate گندم Sequnces (پنجه) مراجعه. اگر چه این برنامه ها در ابتدا برای گندم طراحی شده بودند، اسکریپت ها می توانند به تقریبا هر یوکاریوتی خط لوله annoation توالی اعمال می شود.
اسکریپت ها در مجموعه DAWGPAWS طراحی شده اند برای تسهیل نسل بالا توان از نتایج محاسباتی برای هر دو ژن و nbsp؛ حاشیه نویسی و حاشیه نویسی عنصر جابجا با استفاده از تعدادی از برنامه های anotation توالی موجود است. این نتایج از خروجی های بومی از برنامه های حاشیه نویسی فرد به فرمت استاندارد فایل GFF تبدیل شده است. از آنجا که یک فایل GFF یک تب ساده فایل متنی delmited است، نتایج چند محاسباتی برای یک دنباله تنها می تواند به راحتی با هم با استفاده از ابزار استاندارد maninpulation متن ها مانند گربه الحاق شود. اثبات این که گربه ها و dawgs به خوبی می تواند با هم بازی. DAWGPAWS فراهم می کند ابزار اضافی برای تسهیل استفاده از آپولو ژنوم حاشیه نویسی گزینش ابزار برای تجسم و گزینش از نتایج محاسباتی.
استفاده از DAWGPAWS است از طریق یک سری از برنامه های خط فرمان. رابط خط فرمان انتخاب شده از این برنامه ها معمولا از راه دور بر روی ماشین های preformance به بالا در حال اجرا برخی از نسخه های سیستم عامل یونیکس / لینوکس اجرا شود. از آنجا که یک inteface خط فرمان است که برای تمام برنامه های نوشته شده، هیچ دانش خاصی از پرل مورد نیاز است برای استفاده از این مجموعه. با این حال، از آنجا که برخی از اسکریپت پرل در ماژول پرل خارجی تکیه می کنند، دانش کار پرل خواهد مفید هنگام نصب DAWGPAWS باشد.
نحوه استناد به DAWGPAWS
مقاله ارائه شده است توصیف برنامه DAWGPAWS. تا زمانی که این نسخه خطی منتشر شده است، لطفا به وب سایت DAWGPAWS سورس هنگامی که توصیف استفاده شما از این برنامه مراجعه کنید.
JC Estill و JL Bennetzen. 2009. DAWGPAWS خط لوله برای حاشیه نویسی از ژن ها و جابجا عناصر در گیاه ژنوم. http://dawgpaws.sourceforge.net/
برنامه های حاشیه نویسی پشتیبانی
DAWGPAWS شامل اسکریپت برای کار با شواهد محاسباتی از برنامه های مستقل زیر و وب سایت. شما می توانید اطلاعات را برای برنامه های زیر با کلیک بر روی نام برنامه حاشیه نویسی، و شما می توانید مستندات مربوط به اسکریپت DAWGPAWS با کلیک بر روی نام اسکریپت را دریافت کنید. برای کسب اطلاعات کامل در مورد نصب و استفاده از این برنامه ها، نگاه کنید به کتابچه راهنمای DAWGPAWS.
این برنامه حاشیه نویسی در برنامه DAWGPAWS شامل نیست و باید به طور جداگانه نصب
ویژگی ها:.
به دستکاری فایل FASTA برای آماده سازی توالی برای خط لوله و حاشیه نویسی
حاشیه نویسی از شکاف در مجامع دنباله
اجرای anotation ژن اغاز و برنامه های حاشیه نویسی عنصر جابجا در یک خط لوله توان عملیاتی بالا
خط لوله BLAST مناسب برای استفاده در یک چارچوب محاسبات خوشه ای
تبدیل خروجی از نرم افزار حاشیه نویسی به فرمت فایل GFF مشترک
تبدیل فایل های gff به فرمت game.xml
راهنما موجود در تمام برنامه های خط فرمان با استفاده از پرچم خط فرمان است. اطلاعات کمک و فایل های دستی کامل هنوز تحت توسعه است برای برخی از برنامه ها هستند. برای دسترسی به کمک که در آن progname به نام برنامه های فردی است:
progname --usage
تولید یک پیام عمومی استفاده با اطلاعات در استدلال مورد نیاز
progname --help
تولید یک پیام کمک گسترده تر است که شامل استدلال مورد نیاز و تمام گزینه های
progname --man
مشاهده کتابچه راهنمای کامل برای برنامه
صفحات راهنما برای برنامه های فردی موجود در وب سایت DAWGPAWS هستند و از جمله در نسخه 1.0-دانلود از مجموعه DAWGPAWS.
در مورد نیاز:
در پرل
نظر یافت نشد