در edittag مجموعه نرم افزار برای طراحی مجموعه ای از ویرایش برچسب ها دنباله متریک، چک کردن برچسب ها دنباله برای ترکیب به ویرایش متریک، و یکپارچه سازی برچسب ها دنباله به آداپتورهای آنان تعیین توالی پلت فرم خاص و آغازگر PCR است. edittag متفاوت از روش های دیگر:
و nbsp؛ * edittag تولید طول دلخواه از تگ های دنباله ویرایش متریک در قاب زمان معقول با استفاده از چند پردازی
و nbsp؛ * edittag تولید مجموعه برچسب دنباله متریک ویرایش مطابق با فاصله ویرایش انتخاب
و nbsp؛ * edittag استفاده primer3 به ادغام برچسب ها دنباله به آغازگر PCR
ما با ارائه چندین مجموعه زیادی از ویرایش متریک برچسب ها دنباله طراحی با استفاده از edittag در فرمت های زیر است:
و nbsp؛ * متن - این فایل در فرمت مناسب برای check_levenshtien_distance.py
و nbsp؛ * CSV
و nbsp؛ * دیتابیس SQLite
نقل قول
Faircloth سال قبل از میلاد، گلن TC. مجموعه بزرگ از شناسایی توالی ویرایش-متریک
برچسب ها برای تسهیل تسهیم در مقیاس بزرگ از بار خوانده شده از انبوه
تعیین توالی موازی. doi_
نصب و راه اندازی:
easy_install
easy_install edittag
تار. gz
package.tar.gz دستور wget
تار -xzf package.tar.gz
پایتون setup.py نصب
مخزن
دستگاه گوارش کلون دستگاه گوارش: //github.com/baddna/edittag.git edittag
بسته اختیاری (PY-لوناشتاین)
دستور wget http://pylevenshtein.googlecode.com/files/python-Levenshtein-0.10.1.tar.bz2
تار -xzvf پایتون-لوناشتاین-0.10.1.tar.bz2
پایتون setup.py نصب
بسته اختیاری (primer3)
اگر شما مایل به طراحی پرایمر ترکیب ویرایش متریک برچسب ها دنباله، شما نیاز به نصب یک نسخه اصلاح شده از primer3:
دستگاه گوارش دستگاه گوارش کلون: //github.com/baddna/mod-primer3.git
سی دی وزارت دفاع، primer3 / SRC
ساخت
را نصب کنید
اطمینان حاصل شود که شما حرکت باینری از وزارت دفاع، primer3 به محل در مسیر خود را (حرکت حداقل primer3 طولانی و primer3_config به همان دایرکتوری در مسیر خود را). بعد از آن شما می توانید اجرا کنید
مورد نیاز:
پایتون
نامپای
لوناشتاین
وزارت دفاع، primer3
نظر یافت نشد