POY

POY یک برنامه آنالیز فیلوژنتیک است که پشتیبانی از انواع متعدد داده ها (مثلا مورفولوژی، نوکلئوتید، ژن ها و مناطق ژن، کروموزوم، و تمام ژنوم) است. POY خاص است که در آن می توانید درست هم ترازی و نژادی جانور یا گیاه استنتاج انجام یعنی توالی ورودی نیاز به prealigned شود. درج، حذف و بازآرایی، پس از آن می توانید در نمره کلی درخت را تحت حداکثر صرفه جویی، و یا در مدل تحت حداکثر احتمال گنجانده شود. انواع الگوریتم های اکتشافی برای این منظور توسعه داده شده اند و در POY اجرا شده است.