.
SSuMMo یک کتابخانه از توابع طراحی اطراف مکررا با استفاده از hmmer به اختصاص توالی به گونه و nbsp است؛ نتایج درختان بسیار مشروح نشان گونه / توزیع جنس در آن جامعه است.
برنامه همراه با کد منبع شامل ابزار به: -
- ساخت یک پایگاه داده سلسله مراتبی از مدل پنهان مارکوف - dictify.py.
- اختصاص توالی به نام طبقه بندی به رسمیت شناخته شده - SSUMMO.py.
- تجزیه و تحلیل تنوع زیستی، با استفاده از سیمپسون، شانون و دیگر rankAbundance.py methods-.
- تجسم نتایج به عنوان cladograms با توانایی متمایز به راحتی متقابل مقایسه مجموعه داده - comparative_results.py
- تبدیل نتایج به فرمت phyloxml: dict_to_phyloxml.py.
- نمایندگی ساخت اچ - dict_to_html.py.
- منحنی حجم طرح و محاسبه مربوطه شاخص تنوع زیستی
کد منبع پایتون در اینجا ارائه شده است، در کد گوگل. پایگاه داده ارائه میشود سلسله مراتبی از HMM ها، و همچنین به عنوان یک پایگاه داده SQL طبقه بندی بهینه سازی (مورد استفاده برای استنتاج صفوف هر تاکسون) را می توان از دانلود: - http://bioltfws1.york.ac.uk/ssummo/Download/
برای کسب اطلاعات نصب، لطفا به README مراجعه کنید. برای کسب اطلاعات استفاده، وجود دارد ویکی (در بالا)، و یک کتابچه راهنمای کاربر اولیه شده است به تنه SVN اضافه
مورد نیاز:.
پایتون
نظر یافت نشد