در NCBI C ++ جعبه ابزار رایگان فراهم می کند، قابل حمل، کتابخانه مالکیت عمومی با هیچ محدودیتی استفاده کنید. این در یونیکس، ویندوز و مک سیستم عامل OS کار می کند:
ย ท شبکه و یا InterProcess ارتباطات (IPC) کتابخانه با آداپتورهای IOSTREAM
ย ท چندرشته کتابخانه
ย ท CGI و سریع CGI کتابخانه
ย ท نسل کتابخانه HTML
ย ท SQL پایگاه داده کتابخانه دسترسی
ย ท C ++ کتابخانه لفاف بسته بندی برای BerkeleyDB
ย ท C ++ IOSTREAM آداپتور / لفاف بسته بندی کتابخانه
ย ท GZIP و BZ2 C ++ دهنده کتابخانه با آداپتورهای IOSTREAM
ย ท ASN.1 و XML کتابخانه ترتیب با C ++ کد ژنراتور ابزار (datatool)
ย ท تاریخ و زمان کتابخانه
ย ท فایل عملکرد سیستم کتابخانه
ย ท برهان خط فرمان، پیکربندی و محیط زیست کتابخانه پردازش
ย ท توالی ترازبندی الگوریتم کتابخانه
ย ท کتابخانه موتور BLAST
ย ท بیولوژیکی دنباله بازیابی و کتابخانه پردازش
ย ท FLTK قابل حمل و OpenGL رابط کاربری گرافیکی بر اساس و گرافیک کتابخانه
علاوه بر موارد فوق، بسیاری کل کتابخانه های مفید تر، هر دو هدف کلی و مرتبط با فن آوری زیستی که به طور مداوم توسعه یافته، حفظ و در تولید واقعی زندگی صدها وب سایت و برنامه های کاربردی مستقل و برنامه نویسان خود استفاده (همچنین در صدها شمارش) وجود دارد.
اگر C ++ توسعه هستند شما ماهیت قابل حمل از کتابخانه ها در ساخت برنامه های کاربردی کراس پلت فرم بسیار مفید حتی اگر شما علاقه زیادی در بیوانفورماتیک ندارد. کتابخانه مانند آنهایی که برای CGI / سریع CGI، HTML، شبکه، SQL پایگاه داده دسترسی، ASN.1 و XML ترتیب هستند هدف کاملا عمومی است و می تواند در انواع برنامه های کاربردی در خارج از دامنه مشکل بیوانفورماتیک استفاده می شود.
C ++ جعبه ابزار تحت توسعه فعال با کتابخانه در حال ساخته شدن هر شب. کد منبع است آزادانه از طریق FTP و CVS در دسترس است. مستندات مربوط به C ++ جعبه ابزار آنلاین در دسترس در قالب NCBI قفسه کتاب و همچنین به عنوان کتاب دانلود در قالب PDF آکروبات است
چه در این نسخه جدید است.
نکات مهم:
او LDS2 (محلی V.2 ذخیره سازی داده ها) است که در SQLite3 بر اساس، دارای ویژگی های جدید و عملکرد بهتر است. همچنین اجرا LDS2 لودر داده به استفاده از LDS2 از مدیر شی.
XmlWrapp -این مناسب XML دست زدن به API عمدتا در دست اجرا (و حتی جلا) بوده است.
پیاده سازی تونل و مجوز اتصالات HTTP و تونل زنی از سوکت امن، از طریق پروکسی HTTP.
CFormatGuess در حال حاضر اجازه می دهد تا افتراق بین GTF، GFF3، و GFF2. این تغییر احتمالا شکستن است. برای جزئیات بیشتر زیر را ببینید.
بخش عمده اجرا از CFeatTree، طبقه برای سازماندهی ویژگی های در دنباله بیولوژیکی به یک سلسله مراتب است که روابط پدر و مادر کودک خود را منعکس تعریف (بر اساس انواع ویژگی).
CORELIB:
پیاده سازی تبدیل محلی مستقل از رشته به دو برابر و به عقب. کتابخانه اصلی تغییر از آن استفاده کنید.
NStr :: توجیه () - برای قالب بندی پاراگراف از متن.
CNcbiApplication - را FindProgramExecutablePath شخص، و قوی تر. اضافه کردن یک روش GetAppName سطح بالاتر استاتیک می باشد. برای فایل های پیکربندی جهانی در بیشتر موارد است.
CMetaRegistry :: FindRegistry - روش جدید افشای منطق تعیین می کند که فایل (در صورت وجود) برای بارگذاری.
CEnvironmentCleaner - کلاس جدید به دور متغیر های محیط زیست ناخواسته.
CFileIO - بازگشت به رفتار مقاله: از فایل دسته بستن اگر آن را از طریق SetFileHandle اختصاص داده ().
SERIAL:
ترتیب اشیاء داده AnyContent - ثابت به رسمیت شناختن و به درستی روند صفات در ارزش های خود را.
اصلاح خواندن داده های XML را به او واگذار به مقدار پیش فرض عنصر زمانی که آن را ندارد محتوا.
اضافه شدن پشتیبانی از توالی از عناصر، که در آن عنصر دارای یک مقدار پیش فرض.
DATATOOL:
تولید کد اصلاح شده:
اشیاء داده CHOICE.
انواع داده های باینری با ویژگی های.
تبدیل اصلاح از ارزش ها نوع دو برای حفظ رقم بیشتر است.
ارتبط برقرار کنید:
اضافه شدن گزینه سوکت keepalive (fSOCK_KeepAlive).
آزمون اتصال او NCBI (CConnTest).
UTILITES:
g_FindDataFile - تابع جدید برای محل فایل های داده در (تنظیم) مکان های استاندارد.
CChecksumStreamWriter - کلاس جدید برای محاسبه کنترلی از داده ها نوشته شده به یک جریان.
g_GZip_ScanForChunks () - API جدید، به پرس و جو مواضع جریان فشرده. اجرای محصولی برای گرفتن پوزیشن های برای جداگانه از gzip-فایل های داخل فایل متنی طولانی از gzip.
اضافه شده منبلترس جریان فشرده سازی / رفع فشار (شامل / زمانی / فشرده / stream_util.hpp).
CFormatGuess (زمانی / format_guess. {H / C} ص) به روز شده، با یک تغییر احتمالا شکستن. هدف از این است که اجازه می دهد CFormatGuess برای تمایز بین GTF، GFF3، و GFF2. در حال حاضر آن توده تمام کسانی که فرمت به ارزش 'eGtf' یک. ارزش قدیمی eGtf '(3) است که با' eGtf_POISONED 'جایگزین، و دوباره بازگردانده نخواهد شد. ارزش های جدید برای 'eGtf (21) به یک فایل که باید با CGtfReader (objtools / خوانندگان / gtf_reader.hpp) به عنوان خوانده شده بود. ارزش جدید eGff3 (22) برای فایل های به معنای با CGff3Reader (objtools / خوانندگان / gff3_reader.hpp)، و 'eGff2 (24) به عنوان خوانده شده است برای فایل های به معنای با CGff2Reader خوانده شود (شامل / objtools / خوانندگان /gff2_reader.hpp)
BIO-اشیاء:
CBioseq :: GetNonLocalId - روش جدید برای کمک به توالی محل وارد شده از فایل های فست ای با مشخصات دامنه در زمینه بیشتر؛ پیچیده توسط CBioseq_Handle :: GetNonLocalIdOrNull (به همین ترتیب جدید).
CSeq_id :: IdentifyAccession - پیاده سازی و یا بهبود تشخیص برای پیشوندهای تر (GA، HH، HI، HO-HU، JA-JO، EAAA-EZZZ، و IAA-عز، که برخی از آنها به احتمال جدیدی از داده DDBJ TPA WGS دارد ) و مخلوط در الحاق پروتئین TPA (عمدتا از EMBL، اما برخی از Tree of Life برو بیش از حد).
تشخیص الحاق استاد WGS توسط یک بیت پرچم جدید. آرامش منطق بیش از سخت به رسمیت شناختن PDB.
CSeq_id :: IsValidLocalID، CSeq_id :: ParseIDs - قابلیت های جدید برای کار با ساده متن شناسه توالی، عامل از CFastaReader و تعمیم تا حدودی.
SSeqIdRange - نوع جدید (با تجزیه و پرواز & quot؛ را تکرار و & quot؛) برای کار با رشته SEQ-ID، همانطور که در برخی از فست ای اصلاح منبع defline حاضر.
BIO-TOOLS:
CFastaOstream - اختیاری عنوان سفارشی برای توالی تک شرایط. برچسب محدوده منفی رشته با 'منجر C است.
CFastaReader - پشتیبانی از محدوده منفی رشته و جمع و جور defline سبک نحو پولک در فاصله (& quot؛ را & gt؛ به N & quot؛ را که در آن N تعداد است. یا & quot؛ & gt؛ به unk100 & quot؛ را؟؟).
کبالت:
اضافه شده در خط فرمان -num_domain_hits گزینه که تعداد دامنه حفاظت در دنباله مورد استفاده در محاسبه محدودیت ترازی محدود می کند.
درختان فیلوژنتیک:
اضافه شده رابط سطح بالاتر برای محاسبه درخت فیلوژنتیک از صف دنباله (به عنوان مثال BLAST و نتایج کبالت). کلاس CPhyTreeCalc محاسبه درخت فیلوژنتیک، و CPhyTreeFormater چاپ درخت در Newick و Nexus فرمت.
کتابخانه BIO شی:
CheckNumRows اجرا () و روش های دیگر برای صف پراکنده.
برای کاهش اثرات حافظه: اضافه به عنوان خوانده شده-قلاب برای کاهش حافظه های صف بعد از deserialization استفاده می شود؛ سدیم رشته در حال حاضر با استفاده از یک بایت از حافظه که در آن ممکن است. انتخاب Score.value در حال حاضر در CScore تعبیه شده است.
سرمایه گذاری الحاق در CSeq_id :: GetLabel ().
مدیر BIO شی:
اضافه شده روش گیرنده برای زمینه های بولی در CTableFieldHandle.
او GetBestGeneForFeat () بر اساس CFeatTree.
اجرا GetBestOverlappingFeat () در CFeatTree.
اضافه شده سریع CScope :: GetTaxid ().
در حال بارگذاری فله برای ACC / نسخه، دستگاه گوارش، برچسب، و taxid اجرا شده است.
اضافه شده شکاف صفر طول به CSeqMap و CSeqVector تیک بزنید.
برای مکان های باند اجرا GetLength () و GetCoverage ().
ارتقاء:
روش کمکی اضافه شده به پر CFeatTree در محل.
نقشه برداری و توپ رو از مکان های ساده CSeq_loc_mix در CFeat_CI.
سختگیرانه تر مرتب سازی از ویژگی های در CFeat_CI برای جلوگیری از ابهامات.
اهل عمل CSeq_feat_Handle در حال حاضر کار با SEQ-جدول ویژگی های بیش از حد.
ویژگی های SEQ-جدول در حال حاضر زمینه های کاربر چند سطح حمایت.
غیر SEQ-شاهکار SEQ-جداول در حال حاضر به رسمیت شناخته شده، حتی اگر در تکه تقسیم واقع شده است.
سرعت تا CBioseq_Handle :: AddId ().
بهینه سازی CScope :: AttachXxx ().
تقسیم پشتیبانی از نام حاشیه نویسی.
CSeqVector و CanGetRange CSeqVector_CI را () در حال حاضر بازگشت کاذب به جای پرتاب یک استثنا.
اجازه تعیین نحوه برخورد با دسته های موجود در ResetHistory ().
بهینه سازی دوباره پدر و مادر اگر از ویژگی های بیشتر به CFeatTree اضافه شده است.
اضافه شده امکان برای اشکالزدایی CScope ایجاد / حذف.
بسیاری از تغییرات به C ++ قابلیت پاکسازی به تقلید قابلیت پاکسازی که در حال حاضر در C. وجود دارد هنوز هم وجود دارد بیشتر کار با BasicCleanup باید انجام شود، اما پیشرفت قابل توجهی شده است. کار کوچک شده است برای ExtendedCleanup تا هنوز انجام می شود.
CSeq_loc_Mapper هم اکنون می توانید با GC-مجمع مقداردهی اولیه می شود.
رفع اشکال:
نقشه برداری ثابت از مکان های مخلوط در منهای رشته در CFeat_CI.
رفع بسیاری از در راه CFeatTree لینک ویژگی های.
چند رفع موضوع ایمنی.
تایپی جلوگیری از اضافه کردن متحد شده است و نمودار به CSeq_annot_EditHandle ثابت.
حفاظت در برابر استثنا وقتی که مرتب سازی ویژگی های در CFeat_CI.
Tree of Life برو DATA LOADER:
ثبت HPRD حاشیه نویسی خارجی.
اضافه شده پرم exclude_wgs_master اختیاری در pubseqos / خوانندگان pubseqos2.
در حال بارگذاری فله برای ACC / نسخه، دستگاه گوارش، برچسب، و taxid اجرا شده است.
او CGBDataLoader :: CloseCache ().
بهبود:
استفاده از درخواست در حال بارگذاری فله در CScope :: GetBioseqHandles ().
آمار خواننده جداگانه توسط نوع حباب لود.
اضافه شده برچسب زمان به پیام های اشکال زدایی Tree of Life برو.
استفاده از IConnValidator برای باز کردن اتصالات PubSeqOS.
اضافه شده تقسیم نسخه به درخواست تکه و کلید تکه در کش Tree of Life برو به جلوگیری از استفاده از تکه های اشتباه زمانی که دولت تقسیم لکه در ID تغییر کرده است.
اضافه شده نام پرم کمتر گیج کننده ثانویه برای ایست باز.
آیا ضرب نمی سعی مجدد شمارش توسط تعداد اتصالات.
مدیر جسم آزمون و DEMO کاربردها:
id2_fetch_simple - اضافه گزینه -id برای خودسرانه SEQ-ID است.
test_bulkinfo - نرم افزار آزمون جدید.
فست ای:
C ++ قابلیت جدول ویژگی های عملکردی مانند برای بخشی از پروژه BankIt ساخته شده است.
ابزار asn2flat
تعداد زیادی از تغییرات به قالب flatfile را به آن بسیار نزدیک دولت به انتشار آماده (احتمالا آماده در این نقطه رها، هر چند برخی از مسائل نسبتا کوچک باقی می ماند).
XMLWRAPP:
گسل تقسیم بندی ثابت در مورد گرفتن یک مرجع به بیان حال اجرا نتایج از XPath.
اضافه شده یاران برای دریافت ID عمومی، سیستم ID و نام DTD برای زیر مجموعه های داخلی و خارجی.
روش اضافه شده به مراجعه به ویژگی های گره.
اعدام ثابت از عبارت XPath: در حال حاضر از گره داده شده شروع می شود.
ویژگی جستجوی ثابت (از جمله به طور پیش فرض) هنگامی که یک فضای نامی ارائه شده است.
توانایی اضافه شده به اجرا عبارت XPath بدون ضرورت به ثبت نام فضاهای نام به صراحت.
اضافه شده توانایی ارائه ظروف برای جمع آوری خطاها و هشدارها در حالی که تجزیه اسناد.
اضافه شده توانایی برای تغییر ارزش ها و فضاهای نام از ویژگیهای پیش فرض گره.
توانایی اضافه شده به تست اگر ویژگی پیش فرض است.
توانایی اضافه شده به وارد یا خارج صفات در حالی که در نظر گرفتن فضاهای نام خود را.
توانایی اضافه شده به نوار اعلان XML هنگامی که یک سند ذخیره می شود.
WindowMasker:
اضافه شده یک فرمت ورودی جدید، & quot؛ را seqids ها & quot؛ با این فرمت های ورودی، ورودی یک فایل حاوی یک شناسه توالی در هر خط است، و الگوریتم با استفاده از مدیر زیستی اعتراض به نگاه کردن به توالی.
اضافه شده یک کلاس جدید CWinMaskConfig، برای ذخیره سازی تمام پارامترهای پیکربندی WindowMasker. طبقه می تواند مورد استفاده قرار گیرد برای اضافه کردن استدلال خط فرمان مورد نیاز برای CArgDescriptions، و سپس پارامترهای پیکربندی را از استدلال خط فرمان.
چارچوب ساخت و ساز (یونیکس):
تفسیر مشخصات خط فرمان از APP_PROJ یا LIB_PROJ به عنوان یک نشانه برای روشن کردن دیگر تنظیمات _PROJ * نیز وجود دارد ارائه نشده است. (نیاز به GNU را. ایجاد با خورشید را به ادامه کار مانند قبل.)
عرضه اهداف بیشتر در زیرشاخه: * _f (با استفاده از Makefile ها مسطح محلی تولید در تقاضا، در نظر گرفتن بسته در سایر نقاط درخت)، * _fd (بسته بندی در سطح بالا Makefile.flat)، clean_sources و purge_sources.
پیکربندی و آن اسکریپت راحتی (کامپایلر / یونیکس / * SH.):
قابل توجه پرچم جدید --without-3psw - با هر نرم افزار 3-حزب استفاده کنید.
اضافه شده چک برای GLEW.
بهبود چک برای تقویت و OpenGL.
پشتیبانی مشخص مسیرهای اجرا در داروین (مک) سیستم های با toolchains مدرن است.
BLAST:
در داروین (سیستم عامل Mac OS X)، ساخت فقط برای پردازنده های اینتل حتی در غیر این صورت جهانی سازد با توجه به محدودیت زنجیره ابزار پاور.
اضافه شدن پشتیبانی برای بازیابی شناسه NCBI طبقه بندی که برای حمایت WindowMasker در دسترس است.
اجازه مشخصات دنباله پرس و جو به همراه چند فایل توالی در psiblast.
اضافه شده پایگاه داده سخت پوشش پشتیبانی می کند.
اضافه شده پایگاه داده نرم پوشش برای جستجو ترجمه شده است.
اضافه شدن پشتیبانی از btop (عملیات traceback BLAST) و پرس و جو و طول موضوع در گزارش جدولی.
برنامه خط فرمان - اجازه می دهد psiblast برای جستجو چند نمایش داده شد، اضافه -input_type اختیاری برای makeblastdb
اجازه استفاده از بهترین ضربه و XML در حالت blast2sequences.
عملکرد قالب بندی بهبود یافته برای جستجو از راه دور.
makembindex هم اکنون می توانید شاخص MegaBLAST نقاب دار از یک پایگاه داده نوکلئوتید BLAST با استفاده از اطلاعات ذخیره شده در پایگاه داده پوشش انفجار ساخت به طور مستقیم. این است که با جدید -db_mask گزینه خط فرمان انجام به makembindex. گزینه شناسه عدد صحیح از الگوریتم فیلتر های پشتیبانی شده توسط پایگاه داده BLAST می پذیرد. گزینه تنها می تواند در رابطه با blastdb -iformat استفاده شود.
برای کمک به کاربر در پیدا کردن شناسه عددی الگوریتم فیلتر های پشتیبانی شده توسط یک پایگاه داده BLAST، -show_filters پرچم معرفی شده است. استفاده از پرچم با blastdb -iformat و پایگاه داده BLAST به عنوان ورودی باعث makembindex به خروجی یک لیست از الگوریتم های فیلتر در دسترس و خارج شوید.
نرم NETCACHE:
NetCache دوباره است که شامل ویژگی های زیر است:
مدیریت بهتر از فضای دیسک.
قفل کمتر کار با حباب، نسخه است به جای استفاده می شود؛
چند پورت گوش دادن و هر مشتری تنظیمات افتراق.
رابط های برنامه کاربردی NetCache و ICache:
استفاده از Uint8 در همه جا برای اندازه لکه.
اجازه بازیابی لکه جزئی.
معرفی حفاظت از رمز عبور لکه. کلمه عبور خالی به عنوان هیچ رمز عبور درمان می شود.
رابط های برنامه کاربردی گره کارگر:
پارامتر های جدید برای پایان دادن به گره کارگر اگر مصرف حافظه خود را بیش از حد تعیین شده (پارامتر ها & quot؛ total_memory_limit ها & quot؛).
پارامتر های جدید برای پایان دادن به گره کارگر اگر زمان اجرا آن بیش از حد تعیین شده (پارامتر ها & quot؛ total_time_limit ها & quot؛).
برنامه های کاربردی گیرید:
netscheduled
رفع اشکال که باعث هیچ پاسخ به دستور حذف صف.
remote_app
پارامتر های جدید پیکربندی (& quot؛ را tmp_dir ها & quot؛) برای کنترل و چگونگی موقت نام پوشه ایجاد شده است - به منظور کاهش طول آن است.
ورود لکه خطا در نوشتن.
netcache_control
اجازه بازیابی لکه جزئی.
دستور جدید -remove به حذف حباب های IDS خود.
-auth پارامتر های جدید را مشخص رشته احراز هویت استفاده کنید.
دستورات جدید -reconf و -reinit برای استفاده توسط مدیران NetCache.
netschedule_control
حالت سازگاری را قادر به کار netschedule_control با گره های قدیمی تر کارگر.
cgi2rcgi.cgi
آیا لکه NetCache خالی به عنوان یک نگهدارنده برای پیام پیشرفت ایجاد کنید.
ورود خطاهای شبکه است که به کاربر گزارش شده است.
اجازه فاصله ها را در پارامتر ID کار.
خروجی پشتیبانی از اطلاعات وضعیت کار در فرمت JSON.
اجازه سفارشی HTML قالب برای خطاهای شبکه و رویدادهای دیگر تعریف شود.
اضافه شده هدر HTTP بدون کش برای جلوگیری از ذخیره ی نتایج متوسط.
ncfetch.cgi
پارامتر های جدید برای دسترسی به حباب-رمز عبور محافظت می شود.
تفسیر پارامتر اضافی & quot؛ را نام فایل ها & quot؛ به عنوان یک نام فایل برای فایل دانلود شده.
جدید در نسخه 2008 دسامبر 31 است:
در این نسخه می افزاید: نحوه محاسبه pseudocounts ستون خاص در PSI-BLAST.
این refactors کتابخانه خدمات شبکه.
آن می افزاید واحد چارچوب آزمون و ورود به سیستم خطا برای همه کلاس API فایل.
این رفع پشتیبانی pthread در IRIX. این افزایش حمایت از XML ترتیب.
این رفع پشتیبانی برای Sybase.
این اضافه می کند پشتیبانی از جداول مراجعه کوچکتر برای نمایش داده شد کوچک است.
آن می افزاید API برای بازیابی آمار لودر Tree of Life برو.
این پیشرفت دیگر، speedups، و رفع اشکالات همه فن حریف.
نظر یافت نشد