AREM

در AREM است در MACS بر اساس (تجزیه و تحلیل مبتنی بر مدل برای داده های تراشه SEQ).
تعیین توالی بالا در استفاده از همراه به بارش immuno- کروماتین (تراشه SEQ) به طور گسترده ای در توصیف ژنوم الگوهای اتصال عوامل رونویسی، عنوان کوفاکتور، بهبود کروماتین، و سایر پروتئین های DNA اتصال استفاده می شود. یک گام کلیدی در تجزیه و تحلیل داده های تراشه SEQ است به نقشه کوتاه می خواند از توالی بالا در استفاده از یک ژنوم مرجع و شناسایی مناطق اوج غنی شده با کوتاه می خواند.
اگر چه چندین روش برای تجزیه و تحلیل تراشه SEQ ارائه شده است، بیشتر روش isting سابق تنها در نظر بار خوانده شده است که می تواند منحصر به فرد در ژنوم مرجع قرار داده شده، و در نتیجه قدرت کم برای تشخیص قله محلی در توالی تکرار دادند. در اینجا یک رویکرد احتمالاتی برای تجزیه و تحلیل داده های تراشه SEQ که با بهره گیری تمام شده است، ارائه یک نمایش واقعا ژنوم گسترده ای از الگوهای اتصال معرفی می کنیم.
بار مطالعه شده است با استفاده از یک مدل مخلوط مربوط به K مناطق غنی و یک پس زمینه ژنومی پوچ مدل شده است. ما برای تخمین مکان از مناطق غنی و پیاده سازی انتظارات-حداکثر (EM) آل gorithm، به نام AREM، برای به روز رسانی احتمالات این بازی به هر عنوان خوانده شده به نقاط مختلف ژنومی استفاده حداکثر احتمال.
برای کسب اطلاعات بیشتر، نگاه کنید به مقاله ما در RECOMB 2011 و یا بازدید از وب سایت ما: http://cbcl.ics.uci.edu/AREM
AREM بر محبوب اوج MACS تماس گیرنده بر اساس، به شرح زیر:
با بهبود از تکنیک تعیین توالی، immunoprecipitation کروماتین و پس از تعیین توالی عملیاتی بالا (تراشه SEQ) محبوب شدن است به مطالعه تعاملات پروتئین DNA ژنوم. برای پرداختن به عدم استفاده از روش تجزیه و تحلیل تراشه SEQ قدرتمند، ما یک الگوریتم رمان، به نام تحلیل بر اساس الگوی از تراشه SEQ (MACS)، برای شناسایی عامل متن محل های اتصال ارائه دهد.
MACS قطاری از نفوذ پیچیدگی ژنوم برای ارزیابی اهمیت مناطق تراشه غنی و MACS را بهبود می بخشد وضوح فضایی از محل های اتصال از طریق ترکیب اطلاعات از هر دو موقعیت تگ تعیین توالی و جهت گیری. MACS می تواند به راحتی برای داده های تراشه SEQ به تنهایی و یا با نمونه شاهد با افزایش ویژگی استفاده می شود،

در مورد نیاز:.

پایتون