در Pathomx (که قبلا MetaPath) نرم افزار گرافیکی متن باز اجرا در IPython، QT و پایکیوت، طراحی از زمین تا به عنوان یک ابزار تعاملی برای تجسم و تجزیه و تحلیل داده های متابولیک در گنو / لینوکس و دیگر POSIX و nbsp عمل است. عامل سیستم های. در ابتدا مهندسی شده بود برای پردازش متابولومیکی (metabolomics) data.Features در یک ویژگی glanceKey مورد استفاده قرار گیرد شامل پشتیبانی برای واردات و صادرات NMR (رزونانس هسته ای مغناطیسی) داده ها، پردازش طیف، از جمله عادی، binning و تنظیم، و همچنین به عنوان تجسم مسیر سوخت و ساز و استخراج از معادن. همچنین شما می خواهد قادر به وارد کردن داده ژنومی و متابولومیکی (metabolomics) از طریق مسیرهای مختلف برای تجسم در مسیر مشخص شده باشد.
مختلف حاشیه نویسی پایگاه داده MetaCyc نیز در برنامه Pathomx، در میان است که ما می توانند لینک ها پایگاه داده وحدت، مترادف، و همچنین به عنوان مسیر همراه و واکنش های ذکر شده است. لطفا توجه داشته باشید که پایگاه داده MetaCyc از API های عمومی مشتق شده است.
این برنامه با استفاده از پایگاه داده قدرتمند MetaCyc برای اکتشاف سریع مجموعه داده های پیچیده، به لطف توسعه و پلاگین تنظیم. علاوه بر این، با استفاده از نامپای و Scipy کتابخانه برای تعداد دست زدن به، کتابخانه متپلات برای نموداری، nmrglue برای NMR واردات داده ها، d3.js برای نمودار تعاملی، و scikit-یادگیری برای methods.Under تجزیه و تحلیل آماری هود و OSesLooking در زیر هود از پشتیبانی Pathomx، ما می توانیم توجه کنید که برنامه شده است در IPython فرمان پوسته ساخته شده است. این نیز به خوبی تحت مایکروسافت ویندوز و Mac OS X سیستم عامل، که برای آن در دسترس برای دانلود به عنوان بسته های باینری از پیش ساخته شده است کار می کند. برای گنو / لینوکس، نرم افزار تنها به عنوان یک آرشیو منبع gzip شد سازگار با 32 بیتی و 64 بیتی سیستم عامل سخت افزار توزیع شده است.
هنگامی که با استفاده از Pathomx، کاربران باید به خاطر داشته باشید که نرم افزار با استفاده از داده ها از پایگاه داده مسیر MetaCyc خود را، که بخشی از خانواده BioCyc. API MetaCyc است مورد استفاده برای تولید پایگاه داده عرضه، که به صورت محلی ذخیره شده
چه جدید در این نسخه است:.
کشیدن قطره ویرایشگر بصری کاملا جدید اضافه شده است.
این اجازه می دهد تا به شما برای ایجاد گردش کار تجزیه و تحلیل توسط ابزار کشیدن به فضای کاری، ویرایش اتصالات با کشیدن خطوط داده ها بین ابزار، و با استفاده از دیدگاه های درون خطی برای گرفتن یک نمای کلی از پردازش جاری است.
اطلاعات را می توان به فضای کاری برای واردات از طریق مسنجر کاهش یافته است.
این نیز اضافه شده است زندگی می کنند در هر ابزار پیشرفت اطلاعیه ها، کافه ها، و شاخص وضعیت.
خطاها همراه با متن کمک پرچم (نکات راهنمای ابزار در ابزار زمانی که رنگ قرمز نشان داد).
مورد نیاز:
Graphviz
نظر یافت نشد