SPInDel یک روش جایگزین برای شناسایی بیولوژیکی بر اساس طول RNA ریبوزومی (rRNA) ژن است. به طور کلی، صف از توالی ژن اولیه از گونه های مختلف نشان می دهد مناطق متناوب حفاظت از نوکلئوتید و تنوع، هر دو از لحاظ تعویض نوکلئوتید (که معمولا به نام "SNP ها") و درج / حذف (indel) وقایع. حضور نتایج indels در توالی با طول های متفاوت و شکاف ها در این بازی، به طور معمول توسط یک خط تیره نشان داده می شود معرفی "-".
مفهوم ما برای شناسایی بیولوژیکی با استفاده از توالی ژن به شرح زیر است: مناطق حفاظت شده استفاده می شود برای تعریف بخش های متغیر ("مناطق hypervariable SPInDel") که در آن ترکیبی از توالی طول مشخصه هر گونه ("مشخصات SPInDel") است. بنابراین، هر گونه می توان با مشخصات منحصر به فرد عددی تعریف شده است.
در تئوری، یک نظرسنجی از مناطق فقط 6 hypervariable با هر یک از 20 آلل (یا 11 منطقه با هر 5 آلل) به اندازه کافی برای همه گونه تبعیض قائل یوکاریوتی بر روی زمین، که تخمین زده می شود بین 5 تا 15 میلیون در تعداد است. در عمل، SPInDel قادر به تبعیض قائل 93.3 درصد از گونه های یوکاریوتی با تنوع درون گونه کم و حل فیلوژنتیک بالا است.
نظر یافت نشد