در این پروژه STEME زندگی به عنوان یک تقریب به الگوریتم انتظار-Maximisation برای نوع مدل مورد استفاده در یاب موتیف مانند الگوی رفتاری آغاز شده است.
STEME برون تقریب EM اجرا می شود منظور از قدر سریع تر از اجرای الگوی رفتاری برای تنظیمات پارامتر معمولی. STEME در حال حاضر به یک یاب موتیف تمام عیار در حق خود توسعه یافته است.
چرا استفاده از STEME؟
اثبات شده روش موتیف
STEME بر الگوریتم الگوهای رفتاری سعی-و-تست شده است. الگوی رفتاری یکی از یاب موتیف بالغ ترین و محبوب است. . بازدید کنندگان مقایسه معیار یاب موتیف؛ این یکی از نوازندگان برتر در Tompa همکاران و ترانزیت بود.
طراحی شده برای مجموعه داده های بزرگ
STEME طراحی شده است که در نوع مجموعه داده های بزرگ به طور معمول توسط آزمایش های بیولوژیکی مدرن تولید می شود استفاده می شود. STEME شده است در ورودی در دهها megabases تست شده، اما هیچ دلیلی وجود ندارد که چرا باید آن را در مجموعه داده های بزرگتر استفاده می شود وجود دارد.
سریع
STEME سریع می باشد. به طور معمول یاب موتیف یک زمان اجرا است که به سرعت رشد می کند با اندازه ورودی. با توجه به STEME برون استفاده از درختان پسوند آن این مشکل رنج می برند نیست. STEME فراهم می کند گزینه برای کنترل در زمان اجرا به طوری که کاربر کنترل چه مدت آنها آماده هستند تا برای نتایج صبر کنید.
مدل های موتیف های انعطاف پذیر
بسیاری از یاب موتیف (به خصوص سریع یاب موتیف enumerative) استفاده از توالی اجماع به عنوان مدل از سایت های الزام آور است. این به عنوان انعطاف پذیر به عنوان PWMs که STEME استفاده و می تواند همان محدوده از نقوش به عنوان PWMs گرفتن نیست.
آسان برای استفاده
STEME تولید خروجی در الگوی رفتاری برون فرمت و تاسیس ساخت آن آسان برای استفاده در ابزار پایین دست. STEME برون خروجی S شده است با ابزار از الگوهای رفتاری، BioPython و BioPerl تست شده است.
محاسبات اهمیت دقیق
STEME برون محاسبات اهمیت با مجموعه داده های بزرگ در ذهن طراحی شده است. یاب موتیف که برای مجموعه داده های بزرگ نوشته نشده است اغلب می تواند بد اهمیت نقوش آنها پیدا کردن پیش بینی غلط کردن. این مشکل به خصوص موذی و سخت را برای کاربر به شناسایی است.
در دسترس به عنوان یک سرویس وب
STEME را می توان به صورت محلی بر روی دستگاه شما نصب شده و یا می تواند بر روی وب بر روی سرورهای ما اجرا شود.
مستندات بسته بندی
مورد نیاز:
پایتون
نظر یافت نشد