شیمی کیت توسعه (همچنین به عنوان CDK شناخته می شود) مستقل از پلتفرم، آزادانه توزیع شده و نرم افزار منبع باز کتابخانه در جاوا پیاده سازی و طراحی ویژه برای بیوانفورماتیک ساختاری، شیمیانفورماتیک و شیمی محاسباتی.
در این پروژه شامل الگوریتم های مختلف مفید و ساختارهای داده به طور خاص برای برنامه نویسان که می خواهند به صرفه جویی در بسیاری از زمان و تلاش با استفاده مجدد کد طراحی شده است. کیت توسعه شیمی طراحی شده است به توسط کاربران نهایی استفاده می شود.
ویژگی در یک نگاه
در ویژگی های کلیدی عبارتند از پشتیبانی از خواندن و نوشتن فرمت داده های شیمیایی، پشتیبانی برای ارائه ساختار شیمیایی، پشتیبانی از QSAR (ساختار کمی کردن & ndash؛ فعالیت رابطه). توصیف، و همچنین ساخته شده در الگوریتم برای حمایت از نظریه گراف شیمیایی
در برای راحتی شما، نرم افزار به عنوان فایل های باینری از پیش ساخته شده را در فرمت فایل JAR توزیع شده است. برای استفاده از آن در پروژه های خود، به سادگی دانلود آخرین نسخه پایدار از Softoware استفاده از لینک بالا، که در آن شما همچنین می توانید برنامه و ترانزیت پیدا.. بازدید کنندگان فایل با فرمت tar منبع
در برنامه اطلاعات دقیق در مورد چگونه برای کامپایل برنامه از منابع پیدا کنید، چگونه برای اجرای آزمون های مختلف، و همچنین نحوه استفاده از آن در برنامه های دیگر در فایل readme.txt است که در داخل آرشیو پسوند tar.gz واقع شده است.
در زیر هود و پشتیبانی سیستم عامل
در در یک نگاه در زیر هود از CDK (شیمی کیت توسعه) نرم افزار، ما می توانیم به ذکر است که از آن شده است به طور کامل در زبان برنامه نویسی جاوا نوشته شده است.
در حال حاضر، آن است که به طور کامل با 32 بیتی و 64 بیتی طعم از گنو / لینوکس، مایکروسافت ویندوز و سیستم عامل Mac OS X سازگار است. و کیت توسعه جاوا (JDK) و nbsp؛ با این حال، باید بر روی هر سیستم عامل های پشتیبانی شده توسط جاوا محیط زمان اجرا (JRE) و nbsp کار فن آوری
چه در این نسخه جدید است:
در اتهام رسمی از IAtomcontainer به IMolecularFormula انتقال
اشکال ثابت 2787332 آرایه باند قدیمی در محاسبه شارژ gasteiger تنظیم شد،
به روز رسانی به رفع اشکال 2788357 SMARTSQueryTool دهید تاکید TokenMgrError در ساخت و ساز
اضافه شده taglet جدید برای پردازش cdk.githash برچسب و لینک Javadocs به منابع در مخزن دستگاه گوارش
به روز رسانی برچسب ها cdk.svnrev به cdk.githash برچسب ها
Bug_2787332. اضافه شده آزمون برای مولکول تریکلوزان (از Inchi = 1S / C12H7Cl3O2 / c13-7-1-3-11
حذف کد های رندر منسوخ: یا استفاده CDK-1.0.x یا jchempaint اولیه
اضافه شده آزمون برای اشکال 2786624 در مجموعه آزمون تجزیه کننده
لینک های اضافه شده به صفحات PMD
اضافه شدن لینک به آمار از JUnit
اضافه شده لیست از کلاس در ماژول همراه با لینک به شبانه @ پله
اضافه شده برای ایجاد صفحات HTML ماژول راه اندازی
اضافه شده برای ایجاد صفحات HTML ماژول راه اندازی
چه در نسخه 1.5.10 جدید است:
در اتهام رسمی از IAtomcontainer به IMolecularFormula انتقال
اشکال ثابت 2787332 آرایه باند قدیمی در محاسبه شارژ gasteiger تنظیم شد،
به روز رسانی به رفع اشکال 2788357 SMARTSQueryTool دهید تاکید TokenMgrError در ساخت و ساز
اضافه شده taglet جدید برای پردازش cdk.githash برچسب و لینک Javadocs به منابع در مخزن دستگاه گوارش
به روز رسانی برچسب ها cdk.svnrev به cdk.githash برچسب ها
Bug_2787332. اضافه شده آزمون برای مولکول تریکلوزان (از Inchi = 1S / C12H7Cl3O2 / c13-7-1-3-11
حذف کد های رندر منسوخ: یا استفاده CDK-1.0.x یا jchempaint اولیه
اضافه شده آزمون برای اشکال 2786624 در مجموعه آزمون تجزیه کننده
لینک های اضافه شده به صفحات PMD
اضافه شدن لینک به آمار از JUnit
اضافه شده لیست از کلاس در ماژول همراه با لینک به شبانه @ پله
اضافه شده برای ایجاد صفحات HTML ماژول راه اندازی
اضافه شده برای ایجاد صفحات HTML ماژول راه اندازی
چه در نسخه 1.2.2 جدید است:
لینک ثابت شده است. کمتر از حد مطلوب، به عنوان مسیر است که هنوز هم به عنوان مثال شبانه تنها شده سخت است، اما ما چارچوب XML را هنوز رتبهدهی نشده است به طور خلاصه همه چیز بیش از همه Nightlies (در حال اجرا
به روز رسانی شماره نسخه
اضافه شده آزمون برای اطمینان از IAtomContainers در طریق IMoleculeSet.add مخفیانه نیست (IAtomContainerSet)
addAtomContainer رونویسی (IAtomContainer، دو) بیش از حد، به پرتاب IllegalArgumentException زمانی که یک غیر IMolecule به تصویب می رسد
حالا می اندازد IllegalArgumentException که سعی شده است برای ذخیره یک IAtomContainer است که IMolecule نیست
اضافه شده تست واحد برای # 2784182
تست جدید با رزرپین
اضافه شده taglets برای ایمنی نخ
با یک اتم یا کمتر، تعریف ما آن را به متصل شود، به عنوان مثال هیچ پارتیشن بندی مورد نیاز وجود دارد (رفع # 2784209، NullPointerException در IAtomContainer با اتم)
اضافه شده تست واحد برای اشکال # 2784209 که در حال حاضر با شکست مواجه
حذف بیش از نام بسته org.openscience.cdk صریح: پرتاب بند
حذف بیش از نام بسته org.openscience.cdk صریح
حذف بیش از نام بسته org.openscience.cdk صریح: برای org.openscience.cdk.Foo جدید () تماس
حذف صریح org.openscience.cdk.interfaces بسته نام (رفع # 2783549)
حذف نام بسته صریح و روشن، به نفع واردات، برای org.openscience.cdk در ماژول datadebug (به رفع # 2783549)
حذف نام بسته صریح و روشن، به نفع واردات، برای org.openscience.cdk در ماژول داده ها (رفع # 2783549)
شکست گزینه بازگشت در AllRingsFinder
استخراج از فرمول عنصری رشته می باشد.
استخراج از فرمول عنصری رشته می باشد.
کنترل از جرم که آن را خارج از محدوده است
به روز رسانی به هوشمندانه است H به PLANAR3 N اضافه کنید، رفع اشکال 2،781،199
اضافه شده مورد آزمون برای اشکال 2781199
تماس به CDKException سازنده ساخته شده در داخل یک بلوک catch در حال حاضر شامل استثنا ریشه برای حفظ ردیابی پشته
تماس به CDKException سازنده ساخته شده در داخل یک بلوک catch در حال حاضر شامل استثنا ریشه برای حفظ ردیابی پشته
تماس به CDKException سازنده ساخته شده در داخل یک بلوک catch در حال حاضر شامل استثنا ریشه برای حفظ ردیابی پشته
تماس به CDKException سازنده ساخته شده در داخل یک بلوک catch در حال حاضر شامل استثنا ریشه برای حفظ ردیابی پشته
تماس به CDKException سازنده ساخته شده در داخل یک بلوک catch در حال حاضر شامل استثنا ریشه برای حفظ ردیابی پشته
تماس به CDKException سازنده ساخته شده در داخل یک بلوک catch در حال حاضر شامل استثنا ریشه برای حفظ ردیابی پشته
تماس به CDKException سازنده ساخته شده در داخل یک بلوک catch در حال حاضر شامل استثنا ریشه برای حفظ ردیابی پشته
تماس به CDKException سازنده ساخته شده در داخل یک بلوک catch در حال حاضر شامل استثنا ریشه برای حفظ ردیابی پشته
تماس به CDKException سازنده ساخته شده در داخل یک بلوک catch در حال حاضر شامل استثنا ریشه برای حفظ ردیابی پشته
را به CDKException سازنده ساخته شده در داخل یک بلوک catch در حال حاضر شامل استثنا ریشه برای حفظ ردیابی پشته
را به CDKException سازنده ساخته شده در داخل یک بلوک catch در حال حاضر شامل استثنا ریشه برای حفظ ردیابی پشته
را به CDKException سازنده ساخته شده در داخل یک بلوک catch در حال حاضر شامل استثنا ریشه برای حفظ ردیابی پشته
را به CDKException سازنده ساخته شده در داخل یک بلوک catch در حال حاضر شامل استثنا ریشه برای حفظ ردیابی پشته
را به CDKException سازنده ساخته شده در داخل یک بلوک catch در حال حاضر شامل استثنا ریشه برای حفظ ردیابی پشته
اضافه شدن یک واحد تست برای اطمینان از زمینه SD برای تمام مولکول به عنوان خوانده شده
تقسیم کردن آزمون
فایل های جدید
تست های بیشتر برای خواندن CML
اضافه شده تست واحد برای # 1848591: چارچوب Murcko نادرست
بازیگران ثابت، حذف کار برکنار نام بسته کامل
اضافه شده تست واحد برای # 2692107
تایپی ثابت: از دست رفته 'S'
چه در نسخه 1.2.1 جدید است:
اشکال ثابت 2،714،283، درست است که استثنای زمانی که حلقه به درستی بسته نشده است. اگر یک حلقه با تعداد حلقه مناسب بسته نشده است، InvalidSmilesException پرتاب شده است. مسابقات رفتار در نور روز نیمروز
اشکال ثابت 2729120 و تست واحد اضافه
به روز رسانی نظرات به رفع اشکال 2،768،643.
تعمیر جزئی برای اشکال 2719237. مبدا getBondOrderSum استاتیک، تست واحد اضافه شده است برای آن
تایپی: proteinl - & gt؛ به پروتئين
ساخته شده از کلاس های عمومی، به از Unbreak اضافه کردن آن به ساخت / *. javafiles
نیمه SMARTS تطبیق برای R0 ثابت شده است. به روز شده هدف اولیه مولکول به صراحت اتمها در یک حلقه و اتم RingMembership نیز به روز نشان می دهد به انجام بررسی های غیراخلاقی R0 مشخص شده است. نیمه رفع اشکال 2587204
آزمون برابری مشکوک ثابت شده است. روش خصوصی چک کردن اشیاء دو طریق مرجع. خوب کار می کرد زمانی که آنها تهی بود. شکست مواجه زمانی که ما نیاز به مقایسه با ارزش. کد به روز شده است به آن را به حساب. اضافه شده تست واحد (و روش محافظت شده به طوری که می توان آن تست شده)
اضافه شده روش آزمون حاشیه نویسی. کامل پوشش برای ماژول داده
ChiIndexUtils Refactored به آن را بسته بندی خصوصی. پاک کردن API عمومی، از آن است که فقط توسط کد توصیف چی استفاده می شود. به روز رسانی همه طبقات وابسته است. کد تست نقل مکان کرد (که باید در پر شود!) و همچنین
کد پاکسازی از ChiIndexUtils. تبدیل شده به 1.5 اصطلاحات
پاک کردن از PathTools و افزود روش آزمون حاشیه نویسی، به طوری که هسته به طور کامل پوشش داده شده
ثابت قبلی متعهد به ویرایش خط cdk.keyword، نه خط cdk.module
کلمات کلیدی بیشتر سازگار استفاده
اضافه شدن یک آزمون به اطمینان حاصل شود که اشیاء صحیح هستند با ارزش به جای مرجع مقایسه
اضافه شدن یک مورد آزمون به بررسی کنید که diffs ظرف اتم درست است زمانی که با استفاده از اشیاء deserialized
ثابت IntegerDifference به طوری که آن را در واقع چک مقدار صحیح به جای مراجع از جسم عدد صحیح است. رفع مشکل به موجب آن یک شی مرتب به دیسک و سپس deserialized آیا این شیء اصلی مطابقت ندارد (به عنوان مثال، غیر رشته تفاوت خالی)
پچ کاربردی # 2675819 (استفان کوهن): پچ برای اضافه کردن یک removeReaction به reactionSet
استفاده و رابط کاربری به جای اجرای
حذف واردات استفاده نشده
استفاده از IAtomContainer جای IMolecule، به عنوان تطبیق واقعی با استفاده از IAtomContainers در حال حاضر است (رفع # 2686249)
رفع ClassCastException (رفع # 2685134)
اضافه شده ATTRIB منبع برای رفع ساختمان با پسوند .deb اوبونتو
راهنما ثابت سیستم ساخت: استفاده از doclet قوطی در develjar /. به روز شده برای پوشه src جدید SRC / اصلی؛ حذف استفاده بسیار منسوخ rt.jar
libdepends حذف شامل برای آزمون ioformats، که در واقع نه libdepends دارند
به روز رسانی به طوری که اگر یک اتم هدف هیچ نماد (مانند اتم شبه) در این مسابقه را برمی گرداند نادرست (به جای یک NPE)
اداره مناسب ثابت از #N SMARTS querys
اضافه شده مورد آزمون برای اشکال 2686473
اضافه شده توجه داشته باشید در 1.7.1 مورچه مورد نیاز
ثابت یک منبع NPE: == تهی 2 'باعث یک استثنا، به طوری که نخستین آزمون nullness
اعلان کپی رایت ثابت برای 2009
ذخیره سازی ثابت تکراری از طرح قالب، که تنها در ماژول SDG متعلق، ماژول های اضافی بیش از حد
ادغام شاخه 'local1.2 از ../../git-svn/cdk
چه در نسخه 1.2.0 جدید است:
رفع مشکل چند SMARTS تجزیه، استفاده از دو حرف نمادها و IPseudoAtom در Fingerprinter، و می افزاید: 4 تعاریف نوع اتم جدید، برای ید و گوگرد است.
چه در نسخه 1.1.5 جدید است:
بیشتر رفع اشکال.
چه در نسخه 1.1.4 جدید است:
رفع اشکالات عمدتا کوچک.
چه در نسخه 1.1.1 جدید است:
رفع اشکال عمدتا کوچک و کد عمومی تمیز کردن.
چه در نسخه 1.1.0 جدید است:
بسیاری از، بسیاری تغییرات.
مورد نیاز:
جاوا 2 نسخه استاندارد محیط زمان اجرا
نظر یافت نشد