ژنوم mRNA می یک عکس فوری از دولت جهانی از سلول تحت شرایط مختلف فراهم می کند. با این حال، سطوح mRNA را درک مستقیم از مکانیسم نظارتی بالادست ارائه نمی دهد. Expression2Kinases (X2K) یک روش جدید برای شناسایی تنظیم کننده بالادست به احتمال زیاد مسئول تغییرات مشاهده شده در بیان ژن ژنوم است. با یکپارچه سازی تراشه SEQ / تراشه و موقعیت وزن ماتریس (PWMs) داده ها، فعل و انفعالات پروتئین پروتئین، و واکنش های فسفوریلاسیون کیناز-بستر X2K می توان برای شناسایی مکانیسم های نظارتی بالادست تفاوت ژنوم در بیان ژن. ایده این است که برای اولین بار از پی بردن به عوامل رونویسی به احتمال زیاد مربوط به تفاوت در بیان ژن، سپس با استفاده از فعل و انفعالات پروتئین پروتئین برای اتصال عوامل رونویسی شناسایی با استفاده از پروتئین های اضافی برای ساخت subnetworks نظارتی رونویسی بر این عوامل، و در نهایت استفاده از کیناز-بستر واکنش فسفوریلاسیون پروتئین، برای شناسایی و پروتئین کیناز-نامزد رتبه که به احتمال زیاد تنظیم تشکیل مجتمع های رونویسی شناخته شده است. X2K همچنین شامل ابزار برای انجام ژن لیست تجزیه و تحلیل های غنی سازی و پیش بینی مواد مخدر است که می تواند معکوس یا تشدید تغییرات در بیان ژن. روش X2K می تواند درک ما را از سلول علامت و مواد مخدر باز کردن مکانیسم های عمل پیشبرد
در مورد نیاز:.
جاوا 6.0
نظر یافت نشد