Jmol یک منبع باز، نرم افزار متقابل پلت فرم و گرافیکی رایگان است که در ابتدا طراحی شده است تا به عنوان بیننده مولکولی برای ساختارهای شیمیایی 3D عمل کند. این برنامه در چهار حالت مستقل اجرا می شود، به عنوان یک برنامه وب HTML5، یک برنامه جاوا، یک برنامه جاوا و یک جزء جانبی بدون سرور است.
Feaurs در یک نگاه
ویژگی های کلیدی شامل پشتیبانی از سهولت عملکرد رندر 3D بدون نیاز به هیچ گونه سخت افزار عالی، فایل های صادرات به JPG، PNG، GIF، PDF، WRL، OBJ و فرمت های POV-Ray، پشتیبانی از سلول های واحد پایه، پشتیبانی از RasMol و Chime زبانهای اسکریپتی و همچنین کتابخانه جاوا اسکریپت.
علاوه بر این، نرم افزار از انیمیشن ها، سطوح، ارتعاشات، اربیتال ها، اندازه گیری ها، تقارن و عملیات سلولی واحد و شکل های طرحواره پشتیبانی می کند.
فرمت های فایل پشتیبانی شده
در حال حاضر این نرم افزار طیف گسترده ای از فرمت های فایل را پشتیبانی می کند که می توان از MOL MDL، V3000 MDL، SDF MDL، CTFile MDL، CIF، mmCIF، CML، PDB، XYZ، XYZ + vib، XYZ-FAH، MOL2، CSF، GAMESS، گاوسی، MM1GP، HIN HIN / HIV، MOLPRO و MOPAC.
همچنین پشتیبانی از CASTEP، FHI، VASP، ADF، XSD، AGL، DFT، AMPAC، WebMO، PSI3، CRYSTAL، MGF، NWCHEM، odydata، xodydata، QOUT، SHELX، SMOL، GRO، PQR و JME نیز پشتیبانی می شود. .
پشتیبانی از تمام مرورگرهای بزرگ وب
این نرم افزار با تمام مرورگرهای بزرگ وب، از جمله موزیلا فایرفاکس، گوگل کروم، اینترنت اکسپلورر، اپرا و سافاری، با موفقیت آزمایش شده است. برنامه های مرورگر فوق در تمام سیستم عامل های اصلی مورد آزمایش قرار گرفته اند (بخش بعدی برای پشتیبانی از سیستم عامل ها).
پشتیبانی از تمامی سیستم عامل های اصلی
در زبان برنامه نویسی جاوا، Jmol یک برنامه مستقل از پلت فرم است که برای پشتیبانی از همه توزیع های گنو / لینوکس، سیستم عامل های مایکروسافت ویندوز و مک OS X و هر سیستم عامل دیگر که در آن محیط اجرای جاوا نصب شده است طراحی شده است.
چه جدید در این نسخه است:
رفع اشکال: Jmol SMILES اجازه ورود به کد جستجو را نمی دهد - اضافه می کند & quot؛ ^ & quot؛ برای کد گذاری: [G # 129 ^ A. *]
چه جدید در این نسخه است:
رفع اشکال: Jmol SMILES برای جستجوی کدگذاری اجازه نمی دهد - اضافه می کند & quot؛ ^ & quot؛ برای کد گذاری: [G # 129 ^ A. *]
چه جدید در نسخه 14.20.3 به دست می آید:
رفع اشکال: Jmol SMILES برای جستجوی کدگذاری اجازه نمی دهد - اضافه می کند & quot؛ ^ & quot؛ برای کد گذاری: [G # 129 ^ A. *]
چه جدید در نسخه 14.6.5 منتشر شده است:
رفع اشکال: Jmol SMILES برای جستجوی کدگذاری اجازه نمی دهد - اضافه می کند & quot؛ ^ & quot؛ برای کد گذاری: [G # 129 ^ A. *]
در نسخه 14.6.1 جدید چه جدید است:
رفع اشکال: Jmol SMILES برای جستجوی کدگذاری اجازه نمی دهد - اضافه می کند & quot؛ ^ & quot؛ برای کد گذاری: [G # 129 ^ A. *]
چه جدید در نسخه 14.4.4 Build 2016.04.22 ایجاد شده است:
رفع اشکال: حاشیه نویسی اتم برای آب اضافه شده تنظیم نشده است
رفع اشکال: 14.3.3_2014.08.02 شکست خواننده mmCIF
رفع اشکال: BinaryDocument (فایل اسپارتان) خواندن شکسته در 14.1.12_2014.03.18
چه جدید در نسخه 14.4.4 Build 2016.04.14 است:
رفع اشکال: حاشیه نویسی اتم مجموعه برای آب هیدروژن اضافه شده تنظیم نشده است
رفع اشکال: 14.3.3_2014.08.02 شکست خواننده mmCIF
رفع اشکال: BinaryDocument (فایل اسپارتان) خواندن شکسته در 14.1.12_2014.03.18
چه جدید در نسخه 14.4.4 Build 2016.03.31 است:
رفع اشکال: حاشیه نویسی اتم برای آب اضافه شده تنظیم نشده است
رفع اشکال: 14.3.3_2014.08.02 شکست خواننده mmCIF
رفع اشکال: BinaryDocument (فایل اسپارتان) خواندن شکسته در 14.1.12_2014.03.18
چه جدید در نسخه 14.4.3 منتشر شده است Build 2016.03.02:
رفع اشکال: حاشیه نویسی اتم برای آب اضافه شده تنظیم نشده است
رفع اشکال: 14.3.3_2014.08.02 شکست خواننده mmCIF
رفع اشکال: BinaryDocument (فایل اسپارتان) خواندن شکسته در 14.1.12_2014.03.18
چه جدید در نسخه 14.4.3 ساخته شده است Build 2016.02.28:
رفع اشکال: توضیحات اتم مجموعه برای آب هیدروژن اضافه شده تنظیم نشده است
رفع اشکال: 14.3.3_2014.08.02 شکست خواننده mmCIF
رفع اشکال: BinaryDocument (فایل اسپارتان) خواندن شکسته در 14.1.12_2014.03.18
جدید در نسخه 14.4.2 Build 2016.02.05:
رفع اشکال: حاشیه نویسی اتم مجموعه برای آب هیدروژن اضافه شده تنظیم نشده است
رفع اشکال: 14.3.3_2014.08.02 شکست خواننده mmCIF
رفع اشکال: BinaryDocument (فایل اسپارتان) خواندن شکسته در 14.1.12_2014.03.18
چه جدید در نسخه 14.4.0 Build 2015.12.02 جدید است:
رفع اشکال: توضیحات اتم مجموعه برای آب هیدروژن اضافه شده تنظیم نشده است
رفع اشکال: 14.3.3_2014.08.02 شکست خواننده mmCIF
رفع اشکال: BinaryDocument (فایل اسپارتان) خواندن شکسته در 14.1.12_2014.03.18
چه جدید در نسخه 14.2.15 است:
رفع اشکال: حاشیه نویسی اتم مجموعه برای آب هیدروژن اضافه شده تنظیم نشده است
رفع اشکال: 14.3.3_2014.08.02 شکست خواننده mmCIF
رفع اشکال: BinaryDocument (فایل اسپارتان) خواندن شکسته در 14.1.12_2014.03.18
چه جدید در نسخه 14.2.13 است:
رفع اشکال: حاشیه نویسی اتم برای آب اضافه شده تنظیم نشده است
رفع اشکال: 14.3.3_2014.08.02 شکست خواننده mmCIF
رفع اشکال: BinaryDocument (فایل اسپارتان) خواندن شکسته در 14.1.12_2014.03.18
چه جدید در نسخه 14.2.12 است:
رفع اشکال: توضیحات اتم مجموعه برای آب هیدروژن اضافه شده تنظیم نشده است
رفع اشکال: 14.3.3_2014.08.02 شکست خواننده mmCIF
رفع اشکال: BinaryDocument (فایل اسپارتان) خواندن شکسته در 14.1.12_2014.03.18
چه جدید در نسخه 14.1.8 بتا جدید است:
ویژگی جدید - تنظیم cartoonRibose:
تساوی در حلقه های ریبوز، با نقاط نشان دادن puckering
از طریق C4'-C5'-O5'-P به طور صریح متصل می شود
C3'-O3 را برای مرجع نشان می دهد.
کارتون بیس ایدیس (Leontis-Westhof Edges) را غیرفعال می کند
غیر فعال شده توسط SET CartoonBaseEdges ON
پیشنهاد شده توسط ریک اسپیننی، دولت اوهایو
ویژگی جدید: انیمیشن frame [a، b، c، d] با شماره های منفی برای نشان دادن محدوده ها کار می کند:
قاب متحرک [1، -5، 10، -6] - & gt؛ [1،2،3،4،5،10،9،8،7،6]
به عنوان خوانده شده از & quot؛ 1 تا 5 و سپس 10 تا 6 & quot؛
ویژگی های جدید: خواننده فایل تینکر (و ارتقاء FoldingXYZ خواننده):
می توانید از Tinker :: استفاده کنید، اما این تنها لازم است اگر خط اول فقط یک atomCount است
تطبیق پذیری فرم تینکر قدیمی با n-1 atom برای atomCount
اجازه می دهد تا برای مسیرها و شماره مدل مورد نظر
ویژگی جدید: (در واقع 13.1 اما غیرقانونی) قاب انیمیشن [51 50 49 48 47 46 45 (و غیره) 27 1 2 3 4 5 6 7 (و غیره) ....]
ویژگی جدید: x = مقایسه ({atomomset1}، {atomomset2}، & quot؛ MAP & quot؛)
ویژگی جدید: x = مقایسه ({atomomset1}، {atomomset2}، & quot؛ MAP & quot ؛، & quot؛ همه & quot؛)
ویژگی جدید: x = مقایسه ({atomomset1}، {atomomset2}، & quot؛ MAP & quot ؛، & quot؛ بهترین & quot؛)
ویژگی جدید: x = مقایسه ({atomomset1}، {atomomset2}، & quot؛ MAP & quot ؛، & quot؛ allH & quot؛)
ویژگی جدید - x = مقایسه ({atomomset1}، {atomomset2}، & quot؛ MAP & quot ؛، & quot؛ bestH & quot؛):
یک یا چند فهرست همبستگی را بر اساس SMILES غیر معطر تولید می کند
اختیاری شامل اتم های H می شود
به صورت اختیاری تمام توالی های احتمالی ممکن را تولید می کند
return int [] [] = [[a1 b1]، [a2 b2]، [a3 b3]، ...]
که در آن a و bn عدد اعداد عدد صحیح هستند یا لیست زمانی که & quot؛ همه & quot؛ گزینه انتخاب شده است.
زیر یک نقشه اتفاقی یک اتم را برای دو ساختار از جمله اتم های هیدروژن تولید می کند: بار فایل ها & quot؛ a.mol & quot؛ & quot؛ b.mol & quot؛ x = مقایسه ({1.1} {2.1} & quot؛ MAP & quot؛ & quot؛ H)
زیر مدل کافئین از NCI تا PubChem را مقایسه می کند:
بار کافئین؛ بار اضافه کردن: کافئین؛ قاب *
2.1 را انتخاب کنید برچسب٪ [atomIndex]
{1.1} {2.1} SMILES ترجمه را بچرخانید
x = مقایسه ({1.1}، {2.1}، & quot؛ MAP & quot؛ & quot؛ bestH & quot؛)
برای (a در x) {a1 = a [1]؛ a2 = a [2]؛ atomindex = a1؛ label @ a2}
ویژگی جدید: مقایسه {model1} {model2} SMILES:
بدون نیاز به SMILES؛ Jmol می تواند آن را از {model1}
ویژگی جدید: x = {*} پیدا کنید (& quot؛ SMILES & quot ؛، & quot؛ H & quot؛):
SMILES را با اتم های صریح H تولید می کند
رفع اشکال: تابع substructure () با استفاده از SMILES به جای SMARTS، بنابراین فقط ساختارهای کامل؛
رفع اشکال: تروجان خطا بهتر و پیام ها در روش های مرتبط با SMILES
رفع اشکال: کشف مسیر ما در Jmol.jar و jsmol.zip را قوی تر کنیم.
رفع اشکال: extractMrout extractProperty که زیر مجموعه ای را تحسین نمی کند
رفع اشکال: تنظیم pdbGetHeader TRUE REMARK3 REMARK290 REMARK350 را ضبط نمیکند
رفع اشکال: getProperty (& quot؛ JSON & quot ؛، ....) باید ارزش را در مقدار {value: ...}
رفع اشکال: موج شفاف MO در 11.x شکسته است
رفع اشکال: نمایش MENU نوشتن MENU بار MENU همه در 12.2 شکسته است
رفع اشکال: {*} [n] باید nAtoms خالی باشد
چه جدید در نسخه 14.0.7 به دست می آید؟
رفع اشکال: 14.0.6 فاسد شده است - unitcell and echo rendering، getProperty
چه جدید در نسخه 14.0.5 جدید است:
رفع اشکال: موج شکن LCAOCartoon شکسته است
رفع اشکال: ستون فقرات شکسته
رفع اشکال: خوانندگان pqr، p2n شکسته اند
رفع اشکال: property map of isosurface map xxx می تواند شکست بخورد اگر سطح یک قطعه است (به نحوی) دارای نقطه ای است که با یک اتم زیر مرتبط نیست.
چه جدید در نسخه 14.1.5 بتا است:
رفع اشکال: شفافیت LCAOCartoon شکسته
رفع اشکال: ستون فقرات شکسته شکسته است
رفع اشکال: خوانندگان pqr، p2n شکسته اند
رفع اشکال: property map of isosurface map xxx می تواند شکست بخورد اگر سطح یک قطعه است (به نحوی) دارای نقطه ای است که با یک اتم زیر مرتبط نیست.
چه جدید در نسخه 14.0.4 جدید است:
رفع اشکال: موشک شکسته
رفع اشکال: PDB byChain، bySymop پشتیبانی نمی شود.
چه جدید در نسخه 14.0.2 است:
رفع اشکال: مدولاسیون بین q و t تفاوتی ندارد؛
رفع اشکال: اندازه گیری های مدولاسیون کار نمی کند
رفع اشکال: skipping set defaultLattice & quot؛ {NaN NaN NaN} & quot؛
رفع اشکال: نقشه ایزوورفیسم شکست مدار اتمی
رفع اشکال: نمایش ارتعاشی از مدولاسیون با فواصل به روز رسانی نمی شود
رفع اشکال: ارتعاش خاموش باعث ایجاد هشدار غیر ضروری در کنسول می شود
رفع اشکال: قرعه کشی سموپ شکسته
رفع اشکال: array.mul (matrix3f) سقوط Jmol
رفع اشکال: انتخاب symop = 1555 شکسته
رفع اشکال: مجموعه چیدن dragSelected کار نمی کند
کد: CifReader refactored، جدا کردن MMCifReader و MSCifReader کد: تغییر نام کوچک / refactoring از روش در SV
کد: اضافه می کند رابط کاربری javajs.api.JSONEncodable
اجرای فوق العاده ساده در org.jmol.script.SV
اجازه می دهد تا پیاده سازی جاواج برای ارائه نتایج دلخواه JSON
چه جدید در نسخه 14.1.2 بتا جدید است:
ویژگی جدید: جاوا اسکریپت: JSmol api Jmol.evaluateVar (applet، expression):
بهتر از Jmol.evaluate زیرا نتیجه یک متغیر جاوا اسکریپت است، نه یک رشته.
DEPRECATING JSmol api Jmol.evaluate (applet، expression)
ویژگی جدید: getProperty (& quot؛ JSON & quot ؛، ....):
کد JSON را برای ملک بازمی گرداند
اجازه می دهد جاوا اسکریپت: x = Jmol.getPropertyAsArray (& quot؛ متغیرInfo & quot؛؛ & quot؛ برخی از بیان & quot؛)
ویژگی جدید: getProperty variableInfo:
امکان بازیابی متغیرها را در فرمت جاوا یا JSON فراهم می کند
ارزیابی بیان می شود
پیش فرض به & quot؛ همه & quot؛
ویژگی جدید: مدولاسیون قابل تنظیم با q و t، تا d = 3:
مدولاسیون روشن / خاموش (تمام اتم ها)
{اتم مجموعه} روشن / خاموش
مدولاسیون int q-offset
مدولاسیون x.x t-offset
مدولاسیون {t1 t2 t3}
مدولاسیون {q1 q2 q3} درست است
ویژگی جدید: pickedList:
آرایه ای از اختراع اختراع شده را سفارش داد
می تواند همانند متغیر PICKED مورد استفاده قرار گیرد، اما به صورت پیوسته دستور داده نمی شود، بلکه به صورت موقت نیست
دوبار کلیک کردن ساختار لیست را پاک می کند
@ {pickedList} [0] اتم انتخاب شده اخیر
@ {pickedList} [- 1] atom to the last selected
ویژگی جدید: array.pop ()، array.push () - شبیه به جاوا اسکریپت است
ویژگی جدید: مقیاس مدولاسیون x.x
ویژگی جدید: caption & quot؛ xxxxx & quot؛ x.x - تعداد ثانیه برای اجرا
ویژگی جدید: مدولاسیون 0.2 // تنظیم t-value
ویژگی جدید: array.pop ()، array.push (x)
a = []؛ a.push (& quot؛ تست & quot؛)؛ چاپ a.pop ()
ویژگی جدید: ON / OFF را انتخاب کنید atom-set:
تبدیل و یا خاموش کردن انتخاب و همچنین انجام انتخاب
فقط راحتی
ویژگی جدید: pt1.mul3 (pt2):
return {pt1.x * pt2.x، pt1.y * pt2.y، pt1.z * pt2.z}
اگر هر دو نقاط نیست، به ضرب ساده بازگردانده می شود
reature جدید: array.mul3 (pt2) - mul3 را به تمام عناصر آرایه اعمال می کند
ویژگی جدید: {atomic} modulation (نوع، t):
ارائه می دهد P3 (مدولاسیون جابجایی)
اجرا شده فقط برای نوع = & quot؛ D & quot؛ (اختیاری)
اختیاری T به صورت پیش فرض 0 است
رفع اشکال: مدولاسیون بین q و t تفاوتی ندارد؛
رفع اشکال: اندازه گیری های مدولاسیون کار نمی کند
رفع اشکال: skipping set defaultLattice & quot؛ {NaN NaN NaN} & quot؛
رفع اشکال: نقشه ایزوفوراسیو در مدار اتمیک شکست خورده است
رفع اشکال: نمایش ارتعاش مدولاسیون با فاصله ها به روز نمی شود
رفع اشکال: ارتعاش خاموش باعث ایجاد هشدار غیر ضروری در کنسول می شود
رفع اشکال: قرعه کشی سموپ شکسته
رفع اشکال: array.mul (matrix3f) سقوط Jmol
رفع اشکال: انتخاب symop = 1555 رفع اشکال شکسته: مجموعه ای از کشیدن dragSelected کار نمی کند
کد: CifReader refactored، جدا کردن MMCifReader و MSCifReader
کد: اصلاح / اصلاح جزئی روش در SV
کد: اضافه می کند رابط کاربری javajs.api.JSONEncodable:
اجرای فوق العاده ساده در org.jmol.script.SV
اجازه می دهد تا پیاده سازی جاواج برای ارائه نتایج دلخواه JSON
چه جدید در نسخه 14.0.1 است:
ویژگی جدید: Jmol._j2sLoadMonitorOpacity (به طور پیش فرض 55)
ویژگی جدید: عملکرد load () همانند بار چاپ (& quot؛ xxx & quot؛)، محدود کردن فایل محلی در اپلت:
هیچ فایل ریشه دایرکتوری
هیچ فایل بدون پسوند
هیچ فایل با هر & quot؛ /. & quot؛ در مسیر
ویژگی جدید: فایل های JAR ایمن امضا شده است
ویژگی جدید: فایل های JAR اپلت شامل JNLPs (پروتکل های راه اندازی شبکه جاوا) برای بارگذاری فایل محلی است
ویژگی جدید: گزینه های URL JSmol _USE = _JAR = _J2S = داده های اطلاعاتی را رد می کند
ویژگی جدید: (در حال حاضر اما مستند نشده است) چاپ quaternion ([آرایه ای از quaternions)) - باز می شود کروی متوسط a لا بوس و Fillmore
ویژگی جدید: چاپ quaternion ([آرایه ای از quaternions]، درست است):
انحراف استاندارد را برای میانگین کروی بله و Fillmore به ارمغان می آورد
واحدهای درجه زاویه ای هستند
ویژگی جدید - به نام مقادیر مربع quaternion:
چاپ Quaternion (1،0،0،0)٪ & quot؛ ماتریکس & quot؛
گزینه های شامل w x y z عادی eulerzxz eulerzyz بردار theta axisx محور axisz ماتریس محور
ویژگی جدید - مجموعه celShadingPower:
قدرت سایه سیل را تنظیم می کند
مقادیر عدد صحیح
به طور پیش فرض 10 خط ضخیم است
5 یک خط خوب است
0 تبدیل سایه را خاموش می کند
بر اساس پیکسل بر اساس منبع نرمال به منبع نور (power & gt؛ 0) یا کاربر (power & lt؛ 0)
تنظیم رنگ برای کنتراست پس زمینه (سیاه یا سفید) وقتی normal_z & lt؛ 1 - 2 ^ - (| celShadingPower | / 10)
ویژگی جدید: mmCIF خواندن گزارش _citation.title در Jmol کنسول اسکریپت
ویژگی جدید: SELECT {atomset} را به حداقل برساند - تنها گزینه تمام اتمهای دیگر را حذف می کند
ویژگی جدید: minimize {atomis} - SELECT TEXT و ONLY
ویژگی جدید - & quot؛ پسوندها & quot؛ دایرکتوری ها در JSmol برای کمک به اسکریپت JS و SPT:
jsmol / js / ext
jsmol / spt / ext
ویژگی جدید: بار ... فیلتر & quot؛ ADDHYDROGENS & quot؛ - محلی برای pdbAddHydrogens فقط برای یک بار دستور
ویژگی جدید: مقایسه {1.1} {2.1} BONDS SMILES
ویژگی جدید: list = مقایسه ({atomomset1} {atomomset2} & quot؛ SMILES & quot؛ & quot؛ BONDS & quot؛)
ویژگی جدید: نوشتن JSON xxx.json
ویژگی جدید: [# 210] JSON {& quot؛ mol & quot؛: ...} reader
ویژگی های جدید - مجموعه ای از عناصر Radius:
شعاع جهانی برای اتمها بیش از مقدار حداکثر شعاع (16.0)
پیش فرض 20.0 استویژگی جدید - فیلترهای CIF و PDB و & quot؛ BYCHAIN & quot؛ و & quot؛ BYSYMOP & quot؛ برای ویروس ذرات:
فقط یک اتم را در هر زنجیره ای یا هر سموپ ایجاد می کند
اندازه می تواند بزرگتر از حداکثر 16 آنگستروم با استفاده از، به عنوان مثال:
مجموعه ای از عناصر Radius 30؛
فضای ذخیره 30؛ // هر تعداد بیش از 16 اینجا از particleRadius استفاده می کند
ویژگی جدید: list = مقایسه ({atomomset1} {atomomset2} SmartsString & quot؛ BONDS & quot؛)
ویژگی جدید: عملکرد symop () اجازه می دهد تا تقارن از فیلتر biomolecule برای PDB و mmCIF
ویژگی جدید - isosurface SYMMETRY:
اپراتورهای تقارن را به ایزوورفیس اعمال می کند
رندر و ایجاد کارآمد تر
انتخاب پیش فرض تنها {symop = 1} است
رنگ پیش فرض به رنگ Symop بر اساس propertyColorScheme رنگ است
مثال:
بارگیری فیلتر 1stp & quot؛ biomolecule 1 & quot؛
رنگ املاء
isosurface sa رزولوشن 0.8 تقارن sasurface 0
ویژگی جدید - اموال جدید اتمی: chainNo:
به طور متوالی از 1 برای هر مدل؛
chainNo == 0 به معنای "بدون زنجیره" یا زنجیره = ''
ویژگی جدید - propertyColorScheme جدید & quot؛ دوستانه & quot؛
رنگ رنگ کوری دوستانه طرح رنگ
استفاده شده در RCSDویژگی جدید: JSpecView به طور کامل جاوا رایگان؛ شامل چاپ 2D Nmr و PDF از طیف
ویژگی جدید - WRITE PDF & quot؛ xxx.pdf & quot؛ کیفیت & gt؛ 1 حالت چشم انداز درخواست:
با استفاده از کلاسهای ایجاد PDF حرفه ای سفارشی استفاده می کند
اندازه تصویر اگر بزرگ باشد
ویژگی جدید: JSpecView اضافه می کند PDF و 2D NMR برای جاوا اسکریپت
ویژگی جدید: بار & quot؛ == xxx & quot؛ FILTER & quot؛ NOIDEAL & quot؛ - بارگذاری مولفه های شیمیایی از PDB با استفاده از & quot؛ nonideal & quot؛ مجموعه مختصات
رفع اشکال: نوشتن CD حذف شده؛ ChemDoodle فرمت شده است؛ به جای استفاده از JSON
رفع اشکال: فایل های PDB و CIF مجموعه هایی نظیر PAU را به عنوان عدد منفی بزرگ نشان دادند
رفع اشکال: مقایسه بدون چرخش شروع می شود حلقه بی نهایت
رفع اشکال: مشکل حل با تاخیر (-1)
رفع اشکال: چرخش موس برای کروم در جاوا اسکریپت
رفع اشکال: تنظیمات منوی popup popup برای تغییر زبان
رفع اشکال: اجزای هسته جاوا اسکریپت پردازش نشده است Jmol._debugCode شناخته نشده است
رفع اشکال: unitcell برای biomolecules نادرست جبران می شود؛ منشا برای محور نادرست است.
رفع اشکال: isosurface / mo FRONTONLY شکسته است
رفع اشکال: محلی سازی زبان در JavaScript شکسته استرفع اشکال: خواننده ADF خواندن خروجی MO از DIRAC Build 201304052106 را نمی دهد
رفع اشکال: Safari اطلاعات زرد Jmol را به جای درخواست اپلت پذیرش می کند
- برچسب مورد نیاز است
رفع اشکال: CIF خواننده به درستی دست زدن به _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id نیست
- اتم اشتباه برای بار = فیلتر 3fsx.cif و & quot؛ ASSEMBLY 1 & quot؛
رفع اشکال: [# 558 مسئله سازگاری با ChemDoodle] خطای JSmol در تعریف شماره Number.toString ()
رفع اشکال: چرخ ماوس به درستی کار نمی کند
رفع اشکال: خطای کامپایلر جاوا اسکریپت جاوا اسکریپت int + = float را به عدد صحیح اعمال نمی کند
رفع اشکال: جاوا اسکریپت WEBGL گزینه شکسته است
رفع اشکال: جاوا اسکریپت NMRCalculation به منابع دسترسی ندارد
رفع اشکال: جاوا اسکریپت استریو اجرا نشده است
رفع اشکال: رفع مشکل MOL برای فایل چند مدل (فقط 13.3.9_dev)
رفع اشکال: خطای خواننده MOL با بار APPEND - شماره های اتمی را ادامه نمی دهد
رفع اشکال: خواننده مدولاسیون CIF خواندن ترکیب خطی موجک های موج سلولی را نمی خواند
رفع اشکال: خواندن CIF با فیلتر & quot؛ BIOMOLECULE 1 & quot؛ اگر تنها عملیات هویت انجام شود، شکست می خورد
رفع اشکال: mmCIF خواننده خواندن تمام گزینه های _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expressionرفع اشکال: PDB CRYST entry 1.0 1.0 1.0 90 90 90 باید معنی شود "هیچ سلول واحد" بدون در نظر گرفتن فیلتر بیومولکول
رفع اشکال: slab isosurface برای مولکول های مسطح مثل HEM مناسب نیست
رفع اشکال: چاپ userfunc () ممکن است خراب باشد (userfunc () به خودی خود خوب است)
رفع اشکال: در داخل (اسپلیکس) برای پلیمرهای C-alpha تنها انجام نشده است
رفع اشکال: _modelTitle زمانی که یک فایل جدید بارگذاری یا زرد شده به روز نمی شود
رفع اشکال: {*}. symop.all اپراتور متقارن را به طور مناسب ارائه نمی کند
رفع اشکال: برای لینک سه گانه SMILES در URL ها
رفع اشکال: build.xml کلاس های ایجاد PDF را از دست داد
رفع اشکال: به دنبال به روز رسانی جاوا، اضافه کردن مسیر مسیر مناسب برای اپلت امضا محلی
رفع اشکال: {xxx} .property_xx ذخیره شده در حالت (شکسته 8/7/2013 rev 18518)
رفع اشکال: نمایش برای به روز رسانی برای فایل های JAR اپلت امضا شده و بدون امضا
رفع اشکال: نوشتن ناموفق است
رفع اشکال: روش scriptWait () اپلت شکسته شده است
رفع اشکال: جلسه PyMOL ممکن است پس از خواندن از حالت ذخیره شده، سلول واحد را نمایش دهد
رفع اشکال: خواننده MMCIF برای انواع مونتاژ چندان موفق نیست
رفع اشکال: CIF خواننده & quot؛ biomolecule 1 & quot؛ ترجمه به & quot؛ مولکولی & quot؛ به جای & quot؛ مونتاژ & quot؛رفع اشکال: بارگیری مسیر با چند فایل کار نمی کند
رفع اشکال: منوی popup applet JS به درستی پس از تغییر زبان بسته نیست
رفع اشکال: مشخصه HTTP چک باکس مشخص نشده است
کد: refactoring کد اپلت / appletjs؛ org.jmol.util.GenericApplet
کد: refactoring، ساده سازی خوانندگان بافر و جریان ورودی بافر.
کد: refactoring جاوا اسکریپت، ساخت بهتر _... xml
کد: جاوا اسکریپت، طولانی، کوتاه، بایت، شناور، دو بار همه کار دوباره
کد: تفسیر GT._
کد: تمام کلاسهای داخلی غیر ضروری را به سطح بالا بازنویسی می کند
کد: isolated util / ModulationSet با استفاده از api / JmolModulationSet
کد - تمام محلی سازی زبان اپلت از فایل های ساده .po خواند:
به عنوان جاوا اسکریپت
بدون نیاز به کامپایل فایل های کلاس برای زبان های اپلت
هیچ زبان .jar فایل
دایرکتوری jsmol / idioma جدید دارای فایل های .po برای جاوا و HTML5 است
کد: سریعتر rendering isosurface با اضافه کردن & quot؛ frontonly & quot؛ با {xxx} را فقط انتخاب کنید
کد: سریعتر rendering isosurface با ضمنی & quot؛ isosurfacepropertySmoothing FALSE & quot؛ در موارد مربوط (صحیح)کد: JmolBinary.getBufferedReaderForResource () - تمام منابع را به URL.getContent () و Class.getResource () متصل می کند
کد: جاوا اسکریپت برای حل مسئله کلاس داخلی با تغییر نام نام متغیر کار می کند
کد: work-around برای eval (functionName) در جاوا اسکریپت کار نمی کند.
کد: آزمایش انسداد محیطی
کد: manifests مورد نیاز برای Java Ju51 اضافه شده (ژانویه 2014).
کد: JmolOutputChannel به javajs.util.OutputChannel نقل مکان کرد
کد: jsmol.php ثابت برای اجازه دادن & quot؛ در saveFile روش
کد: refactoring Parser به javajs.util
کد: DSSP به org.jmol.dssx منتقل شد و بار زیستی JSmol را با 20K کاهش داد
کد: بسته iText رها شده، دیگر nec، همانطور که من خود خالق PDF خود را نوشتم
موارد مورد نیاز:
محیط زیست نسخه اوراکل جاوا استاندارد نسخه
نظر یافت نشد