در CodonW یک برنامه طراحی شده برای ساده کردن تحلیل چند متغیره (تجزیه و تحلیل مکاتبات) از کدون و اسید آمینه است. آن را نیز محاسبه شاخص استاندارد کدون. این هر دو منو و رابط خط فرمان.
این پروژه CodonW توسط جان Peden در آزمایشگاه از پل شارپ، گروه ژنتیک، دانشگاه ناتینگهام نوشته شده است. جان در حال کار در ژنتیک انسانی و در حال حاضر به عنوان مدیر پایگاه داده ProCardis در WTCHG در دانشگاه آکسفورد مشغول به کار.
در اینجا برخی از ویژگی های کلیدی "CodonW" عبارتند از:
· نوشته شده در ANSI سازگار C
· منو محور
· تعداد گسترده ای از گزینه خط فرمان
· کد ژنتیکی مستقل
· بدون محدودیت در
1. تعداد توالی
طول دنباله 2.
· محاسبه شاخص کدون
صفحه اول تطابق کدون: 1. CAI
2. FOP: فراوانی کدونهای بهینه
3. NC: تعداد موثر کدونهای
4. CBI: کدون صفحه اول تعصب
· محاسبه شاخص اسید آمینه
نمره 1. استفاده نا مشروع
2. پیوند آروماتیک
· محاسبه تجزیه و تحلیل تطابق
1. کدون طریقه استفاده
2. RSCU (کدون مترادف نسبی)
3. استفاده از اسید آمینه
· تجزیه و تحلیل مکاتبات
1. می تواند شامل / محروم کدونهای / اسیدهای آمینه
2. می توانید گزارش مفصل از روند تولید
3. تلاش برای شناسایی کدونهای بهینه به طور خودکار
4. می توانید داده های اضافی اجازه می دهد مجموعه به آن اضافه شود
5. ثبت هر تعداد از روند
· محاسبه پارامترهای ژن
طول 1. ژن
2. GC، GC3s و موقعیت کدون خاص G + C
3. ترکیب Dinucleotide (در هر سه فریم کدون)
4. استفاده از اسید آمینه
5. استفاده از نسبی اسید آمینه
6. کدون
7. نسبی کدون مترادف
· مفهومی می تواند ترجمه توالی به پروتئین
· Reformats اطلاعات توالی
· بشر و یا دستگاه خروجی قابل خواندن
· آیا می توانم ژن (در حالی که حفظ قاب قرائت) الحاق به محاسبه
1. استفاده از کلی کدون
محتوای 2. GC
ترکیب 3. Dinucleotide
· تولید جداول کدون، اسید آمینه، و یا استفاده از RSCU
· حتی می توانید به شما کمک کند کد ژنتیکی یاد بگیرند.
· و بیشتر
نظر یافت نشد