در tigreBrowser یک ژن بیان مرورگر مدل برای نتایج از tigre بسته R است (http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/tigre.html).
نصب و راه اندازی:
tigreBrowser نیاز به پایتون نسخه> = 2.5. tigreBrowser را می توان با دستور زیر نصب:
پایتون setup.py نصب
برای کسب اطلاعات بیشتر در مورد نصب ماژول های پایتون (به عنوان مثال، نصب بدون اجازه ریشه برای تنها کاربر فعلی)، http://docs.python.org/install/ ببینید
شروع سرور
وب سرور موجود در tigreBrowser باید در حال اجرا به منظور استفاده از مرورگر نتیجه واقعی.
شما یک فایل پایگاه داده تولید شده توسط tigre بسته R (http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/tigre.html) نیاز دارید. این بسته شامل یک آزمون فایل پایگاه داده 'database.sqlite' است که می تواند مورد استفاده برای آزمون tigreBrowser. پایگاه داده با استفاده از آزمون دستورالعمل ها و مثال داده ها شامل در tigre بسته ایجاد شد.
اجرا tigreServer.py برای شروع رابط کاربر گرافیکی از سرور. به منظور شروع مرورگر نتیجه، باید اول یک فایل پایگاه داده که نتایج نشان داده خواهد شد را انتخاب کنید. این را می توان با انتخاب 'فایل پایگاه داده های باز و انتخاب یک فایل پایگاه داده انجام می شود. فایل پایگاه داده باید مجوز نوشتنی ندارد. سپس سرور می تواند با کلیک روی "شروع سرور 'شروع شود. زمانی که کلیک، یک برچسب به نظر می رسد در زیر دکمه های برای نشان دادن URL از مرورگر نتیجه.
مرورگر نتیجه در حال حاضر در آن URL با استفاده از یک مرورگر وب به طور منظم در دسترس است. دستورالعمل های مربوط به استفاده از مرورگر در بخش بعدی این کتابچه می باشد. مرورگر موجود است تا زمانی که سرور با 'توقف سرور' را فشار دهید متوقف شد.
tigreServer.py همچنین می توانید با یک رابط خط فرمان استفاده می شود. شروع اسکریپت با گزینه '--help' برای اطلاعات بیشتر.
با استفاده از مرورگر
انتخاب مجموعه داده
انتخاب مجموعه داده تعیین می کند که نتایج در این فهرست، نتایج و که در آن منظور قابل مشاهده خواهد بود. انتخاب آزمایش قرار است مورد استفاده برای انتخاب مجموعه ای از آزمایش. تنها نتایج حاصل از این آزمایش خواهد شد در این فهرست نشان داده شده است.
بعدی در انتخاب مجموعه داده انتخاب فاکتور رونویسی (TF) و یا مجموعه ای هدف، بسته به اینکه آیا مرورگر نتیجه قرار است به هدف قرار دادن حالت یا تنظیم کننده رتبه بندی رتبه بندی حالت (نصب و راه اندازی را ببینید). در هدف رتبه بندی حالت، انتخاب TF در دسترس است و فهرست نتایج حاوی نتایج برای اهداف مختلف با TF داده شده است. در رگولاتور رتبه حالت، مجموعه ای هدف انتخاب شده است و فهرست نتایج برای تنظیم های مختلف نشان می دهد.
همانطور که تعدادی از نتایج آن می تواند بالا، نتایج ممکن است به چند صفحه تقسیم شده است. "تعداد ژن ها در صفحه" انتخاب را می توان مورد استفاده برای تنظیم تعداد نتایج نشان داد. این می تواند به کاهش تعداد نتایج در صورت بارهای صفحه به آرامی با توجه به تعداد زیادی از تصاویر مفید است.
در نهایت، منظور است که در آن نتایج به دست آمده نشان داد می توان با "مرتب سازی بر اساس" انتخاب تغییر داده است. نتایج خواهد شد descendingly توسط معیار طبقه بندی شده اند با توجه به.
تصفیه آب و تصفیه
نتایج را می توان با معیارهای مختلف فیلتر شده است. در واقع می توان، به عنوان مثال، تنها نتایج ژن که Z-نمره بالاتر از یک آستانه خاص نشان می دهد.
ممکن است که به ترکیب معیارهای چندگانه زمانی که فیلتر. "[+]" لینک می تواند مورد استفاده برای اضافه کردن یکی دیگر از معیار. معیار می توان به همین ترتیب حذف با استفاده از "[-]" لینک (نشان داد نه وقتی که تنها یک معیار وجود دارد). وقتی معیارهای چندگانه استفاده می شود، در نتیجه ژن باید تمام معیارها به در این فهرست نشان داد شود.
فیلتر فعال با استفاده از "اعمال فیلتر" را بردارید.
برجسته
اگر ژن در پایگاه داده حاوی اطلاعات تکمیلی، نتایج را می توان با استفاده از آن داده ها مشخص شده است. گزینه های در دسترس برجسته با رنگ مربوط به آن گزینه را نشان داد.
آثار برجسته با نشان دادن جعبه رنگ در زیر نام پروب در لیست نتیجه برای ژن که اطلاعات تکمیلی که منطبق بر انتخاب.
جستجو
ممکن است که به نتایج جستجو برای ژن داده شده است. آثار جستجو با تایپ کردن با کاما از هم لیستی از نام ژن و یا پروب از هم جدا را به جعبه جستجو. نام مستعار ژن می تواند به عنوان یک ورودی جستجو استفاده می شود.
نتایج نمایش
نتایج برای انتخاب داده شده از مجموعه داده ها، فیلترها، برجسته و جستجو خواهد شد که "ارسال" را فشار دهید کلیک را نشان داد. پایگاه داده و سپس برای نتایج که مطابقت با انتخاب داده خواهد درخواست شود. "تنظیم مجدد" را فشار دهید می تواند مورد استفاده قرار گیرد برای روشن شدن تمام انتخاب و textfields.
فهرست نتایج شامل ستون های متعدد. در ستون اول نام پروب با GENENAME مرتبط با پروب نمایش داده شود. بعد به نام ژن، این رقم بیان ژن اگر فرد در پایگاه داده تعریف شده است. ستون زیر حاوی نتایج واقعی برای ژن. هر گونه اطلاعات تکمیلی نیز در اینجا نمایش داده شود. آمار و ارقام آزمایش خواهد شد در کنار ارزش نتیجه نمایش داده شود.
در نهایت، پارامترهای آزمایش، اگر در پایگاه داده درج شده است، به عنوان یک جدول در کنار چهره های نمایش داده شده
در مورد نیاز:.
پایتون
نظر یافت نشد