در mpiBLAST اجرای موازی MPI مبتنی بر BLAST NCBI است. این پروژه شامل یک جفت از برنامه هایی که جایگزین formatdb و blastall با نسخه های که اجرا مشاغل BLAST به صورت موازی در یک خوشه از کامپیوترهای با MPI نصب شده است. دو مزیت اصلی برای استفاده از mpiBLAST مقابل BLAST سنتی وجود دارد.
اول، mpiBLAST تجزیه پایگاه داده در سراسر هر گره در خوشه. از آنجا که بخش هر گره از پایگاه داده است کوچکتر از آن می تواند معمولا در بافر کش با توجه به از بین بردن دیسک I / O اقامت، بازده تسریع قابل توجه است. دوم، آن را اجازه می دهد تا کاربران BLAST را به استفاده از کارآمد، کم هزینه خوشه های Beowulf به دلیل خواسته های ارتباطی interprocessor کم است.
mpiBLAST رسیدن به تسریع فوق العاده خطی در موقعیت هایی که پایگاه داده خیلی بزرگ است به جا به RAM، و در نزدیکی تسریع خطی در موقعیت های دیگر. این کار یک خوشه اختصاص داده شده نیاز ندارند.
مورد نیاز:
نظر یافت نشد