در لانه-ویلر Aligner (BWA) یک برنامه کارآمد که گیرنده توالی نوکلئوتیدی نسبتا کوتاه در برابر دنباله مرجع طولانی مانند ژنوم انسان است.
نرم افزار پیاده سازی دو الگوریتم، BWA-کوتاه و BWA-SW. آثار سابق برای پرس و جو توالی کوتاه تر از 200bp و دومی برای توالی دیگر تا حدود 100kbp.
هر دو الگوریتم انجام ترازی gapped. آنها معمولا دقیق و سریع تر در مورد سوالات با نرخ خطای پایین است. لطفا BWA صفحه راهنمای برای اطلاعات بیشتر ببینید.
آیا BWA چین 454 بار خوانده شده؟
و nbsp؛ بله و هیچ. جزء BWA-SW از BWA به خوبی در 454 کار می کند می خواند در مورد 200bp و یا دیگر. رسیدن به دقت ترازی شبیه به SSAHA2 در حالی که بسیار سریعتر. BWA-SW نیز کار می کند برای کوتاه تر می خواند، اما حساسیت پایین تر است. علاوه بر این، BWA-SW کند ترازی زوج پایان پشتیبانی نمی کند.
حداکثر طول دنباله پرس و جو در تراز چیست؟
& nbsp؛ در این است که به تنها استفاده BWA-کوتاه در آمده است کوتاه تر از 200bp توصیه می شود. اگر چه آثار BWA-کوتاه تا یک پرس و جو کیلوباز چند در اصل، عملکرد آن تخریب شده است. برای مدت طولانی می خواند، BWA-SW بهتر است.
& nbsp؛ در جزء BWA-SW می تواند یک دنباله BAC (در مورد 150kbp) در برابر ژنوم انسان تراز. سرعت در شرایط پایگاه تراز وسط قرار دارد در واحد زمان قابل مقایسه با سرعت 1kbp ترازی خوانده شده است. در اصل، BWA-SW باید قادر به چین چند دنباله پرس و جو MBP با سرعت مشابه باشد، اما من سعی کردم نیست.
تحمل خطا تعیین توالی چیست؟
& nbsp؛ در BWA-کوتاه است که عمدتا برای نرخ خطا تعیین توالی زیر 2٪ طراحی شده است. اگر چه کاربران می توانند آن را بپرسید به تحمل خطاهای بیشتر تنظیم گزینه های خط فرمان، عملکرد خود را به سرعت تخریب. توجه داشته باشید که برای ایلومینا بار خوانده شده، BWA-کوتاه اختیاری ممکن است تر و تمیز پایگاه های کم کیفیت از '3 پایان قبل از ترازی و در نتیجه قادر به چین بیش خواند با نرخ خطای بالا در دم، که به نوعی به داده ایلومینا است.
& nbsp؛ در BWA-SW تحمل خطاهای بیشتری داده ترازی دیگر. شبیه سازی نشان می دهد که BWA-SW ممکن است به خوبی داده خطا 2٪ برای هم ترازی 100bp، 3٪ خطا برای یک 200bp، 5٪ برای 500bp و 10٪ برای 1000bp و یا دیگر ترازی کار می کنند.
آیا BWA پیدا chimeric بار خوانده شده؟
و nbsp؛ بله، جزء BWA-SW قادر به پیدا کردن خیال واهی است. BWA معمولا یک ترازی برای هر گزارش، اما ممکن است خروجی دو یا چند صف اگر خواندن / contig خیال واهی است.
آیا BWA SNP ها مانند MAQ تماس بگیرید؟
و nbsp؛ نه، BWA تنها ترازی. با این حال، آن خروجی صف در قالب SAM است که با چند تماس گیرنده عمومی SNP مانند samtools و GATK پشتیبانی می کند.
من می بینم یکی خوانده شده در یک جفت کیفیت نقشه برداری بالا، اما خواندن دیگر صفر است. آیا این درست است؟
& nbsp؛ این درست است. کیفیت نقشه برداری برای فرد به عنوان خوانده شده اختصاص داده، نه برای یک جفت خوانده شده. این امکان وجود دارد که یکی به عنوان خوانده شده را می توان به روشنی ترسیم، اما همسر خود می افتد در تکرار tandom و در نتیجه موقعیت دقیق آن را نمیتوان تعیین کرد.
من می بینم خوانده شده و خارج از غرفه پایان یک کروموزوم است و به عنوان نقشه نیامده (0x4 پرچم) پرچم. آنچه اتفاق می افتد که اینجا هستید؟
& nbsp؛ در داخل BWA concatenates تمام توالی مرجع را به یکی از سکانس طولانی است. به عنوان خوانده شده ممکن است به محل اتصال دو توالی مرجع مجاور نقشه برداری. در این مورد، BWA خواهد پرچم به عنوان نقشه نیامده به عنوان خوانده شده، اما شما خواهد شد و موقعیت، سیگار برگ و همه برچسب ها را ببینید. راه حل بهتر خواهد بود برای انتخاب موقعیت جایگزین و یا تر و تمیز که تراز دلخواه از پایان، اما این در برنامه نویسی کاملا پیچیده است و در حال حاضر اجرا نشده است.
آیا BWA کار بر روی توالی مرجع بیش از 4GB در کل؟
و nbsp؛ نه، این ممکن نیست و در آینده نزدیک حمایت به دلیل پیچیدگی فنی درگیر نمی شود.
غلطنامه
فاصله آرایه پسوند یک رشته خالی باید [0، N-1] که در آن n طول رشته پایگاه داده، نه [1، N-1] را به عنوان در لی و دوربین (2009 و 2010) را بیان کرد. به همین، ما نیاز به تعریف O (، -1) = 0 و تجدید نظر در شبه در شکل 3 از لی و دوربین (2009). اجرای BWA در واقع درست است. اشتباه تنها به مقاله رخ می دهد. ما برای سردرگمی عذر خواهی و تشکر نیلز هومر و هابیل آنتونیو مردار Collado از برای اشاره به این از
چه جدید در این نسخه است:.
Bugfix: بازدید جایگزین تکرار در برچسب XA.
Bugfix: وقتی که پیرایش فعال، طرمس BWA-ALN 1bp کمتر است.
غیر فعال که تراز دلخواه برای رنگ-فضا. 0.6.x کار نمی با جامد می خواند در حال حاضر.
Bugfix: segfault با توجه به پایگاه های بیش از حد مبهم است.
Bugfix: موقعیت همسر نادرست در حالت SE.
Bugfix: segfault نادر در حالت PE
هنگامی که _NO_SSE2 کلان است در استفاده، سقوط به استاندارد اسمیت-واترمن
به جای SSE2-SW.
تقسیم علامت گذاری به عنوان اختیاری بازدید با نمرات تراز پایین تر به عنوان ثانویه.
Bugfix: حلقه بی نهایت ایجاد شده توسط پایگاه مبهم است.
خروجی اختیاری دنباله پرس و جو.
نظر یافت نشد